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[GROMACS] 分子动力学模拟方法探究在室温条件下一种多元醇和混合多元醇水溶液中多元醇的聚集行为

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楼主
Gromacs 初学者,采用Gromacs软件模拟多元醇的及其水溶液的聚集行为,请问各位老师以下描述是否准确:
运用分子动力学模拟方法(使用Gromacs 2018.2程序,建立不同多元醇在OPLSAA力场下的参数,构建多元醇模型,在多元醇醇溶液体系中填充TIP3P类型的水分子,模拟温度为298.15 K,压力1 atm,温度耦合使用V-rescale方法,压力耦合使用Parrinello-Rahman方法)探究一种多元醇和混合多元醇水溶液中多元醇的聚集行为,考察不同多元醇中的一种多元醇的聚集倾向和混合多元醇的聚集情况;使用约化密度梯度法(RDG)定性分析多元醇二聚体之间的相互作用,用平均约化密度梯度法(aRDG)定性分析多元醇与水分子的相互作用;研究多元醇单分子和聚集体在水中的形态及其尺寸,分析多元醇在水中聚集趋势不同的原因。

非常感谢!

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石墨

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发表于 Post on 2023-11-23 19:36:28 | 只看该作者 Only view this author
有开发新的参数吗,如果没有专门去拟合参数、验证参数,那只能说应用了OPLS-AA力场+某套参数进行计算/模拟。
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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