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[Amber] AMBER是否含有放射性核素(比如F18)分子力场

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  各位老师好,含有放射性核素的分子往往能够靶向肿瘤细胞,我打算挑一些肿瘤的受体与已报道的放射性核素分子对接,并用分子动力学去评估结合的稳定性,这个想法是否可行呢,恳请各位老师不吝赐教。

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发表于 Post on 2023-11-22 15:52:44 | 只看该作者 Only view this author
单纯说力场,把原子质量改一下就可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 16:27:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Azrael 于 2023-11-22 16:40 编辑
sobereva 发表于 2023-11-22 15:52
单纯说力场,把原子质量改一下就可以

社长大大,分子里的F的质量改成19是容易的。学生还想请教您,比如我在帖子一楼放的那个含有Ga68的那个分子,amber14sb.ff的atomtypes.atp中没有Ga这个稀有金属,分子用ORCA优化的话是用Ga68还是Ga70呢,建模时也需要利用Metal Center Parameter Builder (MCPB),在这个过程中我也需要将Ga68改成70吗?或者您有推荐的关于含有稀有金属分子建模的教程吗?非常感谢~
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发表于 Post on 2023-11-22 16:56:44 | 只看该作者 Only view this author
Azrael 发表于 2023-11-22 09:27
社长大大,分子里的F的质量改成19是容易的。学生还想请教您,比如我在帖子一楼放的那个含有Ga68的那个分 ...

优化时不需要知道原子质量,计算根本不用这个信息。类似地,RESP电荷等计算也不需要原子质量。只要跑MD的时候原子质量正确即可。仔细阅读http://sobereva.com/423了解哪些计算步骤不需要知道正确的原子质量,哪些计算步骤需要
不要凡事求教程,应该先自行把你手头的问题拆解成若干小问题,直到每个小问题都有对应的教程,再做
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 17:19:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-22 16:56
优化时不需要知道原子质量,计算根本不用这个信息。类似地,RESP电荷等计算也不需要原子质量。只要跑MD的 ...

非常感谢wzk大佬的指教,学生没有做过同位素体系,所以问题过于幼稚简单了点,再次感谢您的答复!
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