如何处理ATB获取的pdb和itp文件在gromacs中生成pdb文件时提示残疾不存在

zhangfaxue

已采取模拟办法：

1、MS建立A/B/C模型保存pdb

2、A/B/C在ATB中生成对应pdb和itp（选择了全原子下载、并下载了ATB的力场文件gromos54a7_atb.ff放于top文件夹下）

A分子pdb\itp文件

BC类似

3、用Packmol建立含有132十六烷、2133水、20ASP的模型保存OAW.pdb此处pdb文件残基名称全为MOL,手动修改为了对应上述ATB的残基名称

4、将A\B\C的itp文件、OAW.pdb、top文件（手写）准备，用gmx pdb2gmx -f OAW.pdb -p ASP.top -o OAW.gro 提示错误

提问：1、ATB生成pdb和itp文件里面残基名称在ATB给的gromos54a7_atb.ff里面也没有对应的残基，应该怎么处理？

2、如果直接用MS建模然后Packmol建立盒子那么残基名称全是MOL，模拟时没有对对应残基应该怎么处理？

牧生

你已经正确得到了itp文件，而且include了，所以这一步是多余的   “用gmx pdb2gmx -f OAW.pdb -p ASP.top -o OAW.gro 提示错误”。。你应该可以开始跑em了

zhangfaxue

牧生 发表于 2023-11-24 07:48
你已经正确得到了itp文件，而且include了，所以这一步是多余的   “用gmx pdb2gmx -f OAW.pdb -p ASP.top - ...

多谢！