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[Lammps] 聚合物在LAMMPS退火后,在模拟盒子中分布不均匀,有很多空隙

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本帖最后由 wudiya 于 2023-11-27 21:09 编辑

各位好,向各位请教一下,我通过MS对聚合物进行建模,转化成data文件后,在LAMMPS进行退火,首先在600K,100atm下运行0.25ns,然后再300K,1atm下运行0.25ns,但退火之后模拟盒子中的聚合物有很多的空隙,分布不均匀(不好意思,由于图片无法很好展示空隙,所以只能描述情况了),所以想向各位请教一下这种情况应该怎么样处理

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发表于 Post on 2023-11-27 20:56:55 | 只看该作者 Only view this author
描述清楚模拟设定
通常通过压浴自发可以很大程度消除空隙
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 21:11:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-27 20:56
描述清楚模拟设定
通常通过压浴自发可以很大程度消除空隙

谢谢sob老师,我是采用先在600K,100atm下运行0.25ns,然后在300K,1atm下运行0.25ns,不知道sob老师您说的压浴自发是如何设定

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发表于 Post on 2023-11-27 23:23:44 | 只看该作者 Only view this author
wudiya 发表于 2023-11-27 21:11
谢谢sob老师,我是采用先在600K,100atm下运行0.25ns,然后在300K,1atm下运行0.25ns,不知道sob老师您说 ...

MD时间太短
用了压浴,而且当分子是柔性的,控压的效果自然会消除盒子里空白区域
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-28 14:37:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-27 23:23
MD时间太短
用了压浴,而且当分子是柔性的,控压的效果自然会消除盒子里空白区域

好的好的,非常感谢sob老师

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