计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1014|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 含三种分子的结构怎么计算其中两种分子间相互作用能

[复制链接 Copy URL]

95

帖子

0

威望

2190

eV
积分
2285

Level 5 (御坂)

本帖最后由 loovfnd 于 2023-11-28 19:39 编辑

在实际的科研工作中,遇到了下面这种情况,比如ABC三种分子按照这种形式排布(非线性的),怎么计算AB之间或者BC之间的相互作用能的大小(H键或者存在色散作用)。或者怎么描述之间相互作用。




5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-11-29 03:05:54 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音基础(中级)量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)讲弱相互作用计算部分的ppt





“描述之间相互作用” 太含糊,描述方式多了去了,诸如IGMH就非常适合直观展现指定片段间的相互作用
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

95

帖子

0

威望

2190

eV
积分
2285

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-29 10:02:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-29 03:05
参考北京科音基础(中级)量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)讲弱相互 ...

请教社长,这个ΔE(A……C)=EAC-EA-EC是单独优化AC结构后,用CP方法获得吗? 还是用ABC优化好的结构中把B去除后用CP计算得到的。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-11-30 10:05:34 | 只看该作者 Only view this author
loovfnd 发表于 2023-11-29 10:02
请教社长,这个ΔE(A……C)=EAC-EA-EC是单独优化AC结构后,用CP方法获得吗? 还是用ABC优化好的结构中 ...

就是算个相互作用能,是否以CP方式考虑BSSE效应不是当前问题的关键
不要把“CP方法”当做算相互作用能的代名词,看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

95

帖子

0

威望

2190

eV
积分
2285

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-30 14:37:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-30 10:05
就是算个相互作用能,是否以CP方式考虑BSSE效应不是当前问题的关键
不要把“CP方法”当做算相互作用能的 ...

会注意的,社长。涉及三个组分,考虑变形能,计算解离能,则用AC优化的结构。是不是可以这么理解。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-12-1 05:09:27 | 只看该作者 Only view this author
loovfnd 发表于 2023-11-30 14:37
会注意的,社长。涉及三个组分,考虑变形能,计算解离能,则用AC优化的结构。是不是可以这么理解。

ppt里计算ΔE用的始终是整个复合物结构,不优化单体或二聚体
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

95

帖子

0

威望

2190

eV
积分
2285

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-1 22:34:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-1 05:09
ppt里计算ΔE用的始终是整个复合物结构,不优化单体或二聚体

需要算三次相互作用能,分别得到各个校正后的能量。是这样吧,社长

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2023-12-2 11:10:19 | 只看该作者 Only view this author
loovfnd 发表于 2023-12-1 22:34
需要算三次相互作用能,分别得到各个校正后的能量。是这样吧,社长

ppt里诸如E_BC是指B-C复合物的能量,不是B-C相互作用能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

95

帖子

0

威望

2190

eV
积分
2285

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-2 18:16:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 11:10
ppt里诸如E_BC是指B-C复合物的能量,不是B-C相互作用能

明白了,社长,感谢指导。

173

帖子

0

威望

949

eV
积分
1122

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2024-6-4 22:14:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-29 03:05
参考北京科音基础(中级)量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)讲弱相互 ...

请问老师ppt里的方法能计算在C存在下,A-B间结合的吉布斯自由能变吗?
(6楼里解答的是【ppt里计算ΔE用的始终是整个复合物结构,不优化单体或二聚体】,由此是否得出不能得到吉布斯自由能变?)
科音学员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2024-6-5 03:16:17 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2024-6-4 22:14
请问老师ppt里的方法能计算在C存在下,A-B间结合的吉布斯自由能变吗?
(6楼里解答的是【ppt里计算ΔE用 ...

不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 13:48 , Processed in 0.193332 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list