pb_potential_volume具体物理意义是什么？

wenhuidou · 发表于 Post on 2016-9-29 13:44:04

我在一篇文献上看到的The pb_potential_volume is ± 43.8195。不知道所指的具体物理意义是什么，这个只是如何得到的。希望有大神能帮我解决一下。还有在蛋白质模拟的能量最小化过程中，判断已经最小化的标准是什么？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-29 15:06:31

帖子标题请反映帖子内容，给你改了

原文应当有明确说明其含义，否则除了作者谁也不清楚。也许是等值面里包围的体积大小，但是光说这么个值不去做讨论并无意义。

优化到最后，原子受力都很小、位移也都很小，就算收敛了。所有程序里都有收敛限设定选项。

wenhuidou · 发表于 Post on 2016-9-29 16:18:29

谢谢，我想知道在NAMD中程序里收敛限的设定我看了namd知道但是没有说明！

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