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[GROMACS] 求助:如何把.xyz文件转化为.gro文件

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楼主
我想做一个石墨烯的gro文件,此前获得了包含需求的石墨烯坐标文件gra_21.xyz文件,现在想转化为gro文件。
本人不是特别了解怎么 转化,求助大佬们,希望能指点指点。
下面是我的xyz文件

gra_21.xyz

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2#
发表于 Post on 2023-12-3 00:22:33 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn载入xyz文件,主功能100的子功能2选相应选项导出成gro
xyz文件本身不定义盒子信息,如果需要把盒子信息也传递给Multiwfn使得导出的gro文件里也有盒子信息,按下文说的自行修改xyz文件的注释行加入盒子信息
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
(9)含有晶胞信息的xyz文件。这是我自己定义的,如果xyz文件的注释行(第二行)包含诸如以下形式的内容(以埃为单位的平移矢量),就会被Multiwfn读取
Tv_1: 7.426 0.0 0.0 Tv_2: 3.6 6 6.40 0.0 Tv_3: 0.0 0.0 10.0
也可以按照extended xyz格式的方式在xyz文件的第二行记录晶胞信息,例如:
Lattice="7.426 0.0 0.0 -3.66 6.40 0.0 0.0 0.0 10.0"


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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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