水分子-粘土晶胞体系的结构优化和动力学问题

Geocmpt

请教大家。我打算将水分子随机加载到优化后的粘土矿物晶胞上开展结构优化→动力学，目的是寻找结合位。问题如下：
（1）粘土矿物单晶胞原子数大约41个(晶胞参数大约5.0x9.0x10.0)，是否需要采用超晶胞跑？还是直接设置MONKHORST-PACK kpoint 计算合适。是否需要扩晶胞计算有什么标准嘛。
（2）跑动力学前是否有必要先将粘土-水分子体系结构优化？
（3）由于水分子结构是已知的，在这个过程中是否需要固定水分子结构（也就是固定HOH相对坐标），如果需要怎么操作（Multiwfn的固定原子坐标貌似不是针对这个的？），亦或者是不固定水分子结构让体系自由计算？
   望各位大佬不吝赐教。拜谢。

sobereva

1 用超胞，否则水与其镜像的自相互作用太显著、明显影响动力学行为的合理性。扩到每个方向>10埃，此时对当前体系用gamma点就够了。

2 初始结构没有明显不合理接触就不是非得做几何优化

3 不需要固定

Geocmpt

sobereva 发表于 2023-12-4 02:51
1 用超胞，否则水与其镜像的自相互作用太显著、明显影响动力学行为的合理性。扩到每个方向>10埃，此时对当 ...

谢谢社长的亲自答复，很受益。