求助利用ORCA+Multiwfn生成小分子的RESP原子电荷时遇到报错

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-5 19:56:06

各位老师好：
   初学分子动力学模拟，利用 ORCA+Multiwfn 生成小分子的RESP原子电荷
   在将RESP_ORCA.sh拷贝至工作目录，使用chmod +x ./RESP_ORCA.sh加权。将小分子mol2结构文件也拷到当前目录。然后运行：./RESP_ORCA.sh Lig.mol2
   结果出现了以下报错信息：
[root@localhost CS]# ./RESP_ORCA.sh Lig.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
Running optimization task via ORCA...
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated
   opt.out附在了附件里
   请教各位老师，应当如何理解本则报错，怎么进行修改呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-6 02:23:37

体系很大，当前给的内存不够。修改脚本，令其maxcore后面的数值更大，比如2000

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-6 17:31:14

sobereva 发表于 2023-12-6 02:23
体系很大，当前给的内存不够。修改脚本，令其maxcore后面的数值更大，比如2000

谢谢sob老师
但我多次改了maxcore后还是同样的报错甚至maxcore=35000时依旧是这样的报错
然后当nprocs=2 maxcore=38000时出现了这样的报错：
[root@localhost CS2]# ./RESP_ORCA.sh Lig.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
Running optimization task via ORCA...
[file orca_tools/qcmem.cpp, line 949, Process 0]:  OUT OF MEMORY ERROR!

--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[16013,1],0]
  Exit code: 12
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run
请问老师这该怎么办

牧生 · 发表于 Post on 2023-12-6 18:28:39

有没有这种可能，你的真实内存没那么大。

你先试试算一个乙醇试试。

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-6 18:56:22

牧生发表于 2023-12-6 18:28
有没有这种可能，你的真实内存没那么大。

你先试试算一个乙醇试试。

谢谢您
请问如果我的体系很大，但我的真实内存没那么大，该怎么解决呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-7 02:46:18

BlinBlin 发表于 2023-12-6 18:56
谢谢您
请问如果我的体系很大，但我的真实内存没那么大，该怎么解决呢

减小CPU核数，使得与maxcore的乘积明显小于剩余物理内存量。要么CPU核数不改而减小maxcore

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-18 18:52:27

sobereva 发表于 2023-12-7 02:46
减小CPU核数，使得与maxcore的乘积明显小于剩余物理内存量。要么CPU核数不改而减小maxcore

感谢sob老师
感觉我的电脑算不动，我就想用超算平台计算。超算平台上带有ORCA，所以我根据《Multiwfn在Linux下安装的中文说明》安装了Multiwfn。但在提交任务时出现如下报错，请问该怎么解决。
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
./RESP_ORCA.sh: line 58: Multiwfn: command not found
awk: fatal: cannot open file `tmp.xyz' for reading (No such file or directory)
rm: cannot remove ‘tmp.xyz’: No such file or directory
Running optimization task via ORCA...
[file orca_tools/Tool-Misc/qccc2ic.cpp, line 640]: No atoms to convert in Cartesian2Internal

The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated
rm: cannot remove ‘opt_*’: No such file or directory

下面是我提交的slurm文件：
#!/bin/bash
#SBATCH -J CS
#SBATCH -p normal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 32
#SBATCH --mem=100G

module purge
module load compiler/devtoolset/7.3.1
module load mpi/hpcx/2.7.4/gcc-7.3.1
module load apps/ORCA/5.0.2/hpcx-2.7.4-gcc-7.3.1

ulimit -s unlimited
export OMP_STACKSIZE=2000M
export Multiwfnpath=/public/home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI
export PATH=$PATH:/public/home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI
chmod +x /public/home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI/Multiwfn_noGUI
chmod +x ./RESP_ORCA.sh
./RESP_ORCA.sh CS.mol2

RESP_ORCA.sh里的路径也改了：
#Set actual paths of ORCA and orca_2mkl utility here
ORCA="/public/software/apps/ORCA/5.0.2/hpcx-2.7.4-gcc-7.3.1/orca"
orca_2mkl="/public/software/apps/ORCA/5.0.2/hpcx-2.7.4-gcc-7.3.1/orca_2mkl"

#Set number of CPU cores used in calculation here
nprocs=32
maxcore=2000

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-18 23:36:49

“Multiwfn: command not found” 明显还是因为超算上没法通过Multiwfn命令执行Multiwfn。我不用超算那些提交东西，可以问问管理员怎么提交。或者在读懂RESP计算脚本内容的基础上自行想办法执行里面的步骤，脚本编写知识可参考下文
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-19 15:26:25

sobereva 发表于 2023-12-18 23:36
“Multiwfn: command not found” 明显还是因为超算上没法通过Multiwfn命令执行Multiwfn。我不用超算那些提 ...

好的，感谢sob老师！

牧生 · 发表于 Post on 2023-12-19 16:16:03

本帖最后由牧生于 2023-12-19 18:20 编辑

三百多原子，体系不算很大，我尝试用基于ORCA计算RESP电荷的懒人脚本算了下这个结构，但是跑了一夜，这个结构变成了螺旋状，且边缘处的-OH变得很长，说明可能你这个初始结构可能不是很合理。

你这个结构，是个低聚物，你这样做更好：按照博文中的方法，计算一个重复单元的RESP电荷以后，用sobtop生成聚合物的itp文件以后，可以直接在文本编辑软件中，把电荷复制到中间的重复单元去，首尾段就用按照博文中得到的电荷。

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex5

复制代码

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-19 19:04:44

牧生发表于 2023-12-19 16:16
三百多原子，体系不算很大，我尝试用基于ORCA计算RESP电荷的懒人脚本算了下这个结构，但是跑了一夜，这个结 ...

好的，谢谢您！我试试。
还有个问题，请问您nprocs，maxcore分别设置了多少。我是用CentOS算的，内存4GB，处理器4，硬盘100GB，不论怎么调整这两个参数都是在报错，计算一个重复单元没有报错。是不是内存太小了点？

牧生 · 发表于 Post on 2023-12-19 19:13:23

本帖最后由牧生于 2023-12-20 15:08 编辑

nprocs=6
maxcore=1000

CPU为13900K，实际物理内存有128G

你这个结构大概不对。我准备停了，不帮你跑了

BlinBlin · 发表于 Post on 2023-12-19 20:00:30

牧生发表于 2023-12-19 19:13
nprocs=6
maxcore=1000

好的！谢谢！

carrot_rabbit · 发表于 Post on 2025-12-8 16:21:29

BlinBlin 发表于 2023-12-18 18:52
感谢sob老师
感觉我的电脑算不动，我就想用超算平台计算。超算平台上带有ORCA，所以我根据《Multiwfn在L ...

把RESP_ORCA.sh文件中所有的Multiwfn替换成Multiwfn_noGUI即可

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[综合交流] 求助利用ORCA+Multiwfn生成小分子的RESP原子电荷时遇到报错

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