lammps中NPT系综下有机分子原子丢失的问题怎么解决？

水水木木

各位老师好，我是lammps的一个初学者，最近我在使用lammps模拟沥青质分子在甲醇溶剂中的聚集现象，编写的in文件如下，模拟包括能量最小化、模拟退火、在NVT和NPT系综下运行一段时间。在退火的时候，当模型运行到fix 3 all npt temp 498.15 498.15 100 iso 1.0 1.0 1000这一行时，盒子发生体积不断扩大的现象，然后就出现了原子丢失的报错ERROR on pro 9 ：Bond atom 949 966 missing on proc 9 at step 607215 (../ntopo_bond_all.cpp: 59)。请教各位老师，这个模拟报错的原因是什么，该怎么办？

-in文件内容如下：
# 初始模拟环境设置（飞秒）
units  real
dimension 3
atom_style full
boundary p p p
neighbor 2.0 bin

#定义力场（一般先构建模型后定义力场）
kspace_style pppm 1.0e-5
pair_style lj/class2/coul/long 9.5 9.5
bond_style class2
angle_style class2
dihedral_style class2
improper_style class2

#初始模型构建
read_data as.data

#分组设置
group a1 id 1:117
group a2 id 118:234
group a3 id 235:351
group a4 id 352:468
group a5 id 469:585
group a6 id 586:702
group a7 id 703:819
group a8 id 820:936
group a9 id 936:1053

#定义体系某些信息的计算
compute c1 a1 com
compute c2 a2 com
compute c3 a3 com
compute c4 a4 com
compute c5 a5 com
compute c6 a6 com
compute c7 a7 com
compute c8 a8 com
compute c9 a9 com

#定义输出体系的信息
thermo 100
thermo_style custom step temp press density etotal pe ke ebond c_c1[1] c_c1[2] c_c1[3] c_c2[1] c_c2[2] c_c2[3] c_c3[1] c_c3[2] c_c3[3] c_c4[1] c_c4[2] c_c4[3] c_c5[1] c_c5[2] c_c5[3] c_c6[1] c_c6[2] c_c6[3] c_c7[1] c_c7[2] c_c7[3] c_c8[1] c_c8[2] c_c8[3] c_c9[1] c_c9[2] c_c9[3]
dump 1 all custom 100 gj.xyz id type x y z

# 能量最小化
timestep 0.1
velocity all create 298.15 226584 dist gaussian
minimize 1.0e-5 1.0e-5 10000 10000

# 模拟退火
timestep 1
fix 1 all nvt temp 298.15 498.15 100 #在各个方向上控压，压力为0，压力阻尼调节系数1000
run 500000 #run 100000
unfix 1
fix 2 all nvt temp 498.15 498.15 100
run 100000
unfix 2
fix 3 all npt temp 498.15 498.15 100 iso 1.0 1.0 1000
run 500000
unfix 3
fix 4 all nvt temp 498.15 298.15 100
run 500000
unfix 4

#设定模拟环境并运行
timestep 1
fix 5 all nvt temp 298.15 298.15 100
run 2000000
unfix 5
fix 6 all npt temp 298.15 298.15 100 iso 1.0 1.0 1000.0
run 30000000

in文件，data文件，log文件如下  

水水木木

网络原因，附件在这里

perfectasdzz

楼主，请问你解决了吗？