关于VMD查看距离C4A原子4埃内的水的原子选区的问题

LNN · 发表于 Post on 2023-12-8 22:26:30

老师们好，想要在VMD中查看距离C4A原子4埃内的水，用于编写TCL脚本
脚本思路：先要查看什么时候水进入磷脂膜尾部，所以想建立一个选区包括尾部附近出现的水，但是几次在VMD中测试选区，发现都不是想要的结果
比如命令 name W and within 4 of name C4A,但是选到了很远的W（绿色），红色为C4A原子，如下图，盒子中其他空白区域均为PW（未显示 PW包括：W WP WM）

但是我理想是选中黄色圈圈区域的PW，如图，此图黄色区域是肉眼观察的开始有水（未显示）进入的区域，请教大家，感谢大家解答！

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-9 05:41:17

记得选上了update selection every frame

并且
name C4A
within 4 of name C4A
name W and within 4 of name C4A
逐条尝试弄清楚是什么情况

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VMD] 关于VMD查看距离C4A原子4埃内的水的原子选区的问题