扫描二面角得到的能量与opt优化的不一致

xujian · 发表于 Post on 2016-10-6 10:24:02

各位老师，我在扫描一个分子的二面角时，得到如下的能量曲线，从图中可知，所扫二面角为0时能量比180度高，但是单独优化这两种结构时，该二面角为0时的更稳定一些。扫描二面角所得到的能量与opt里吉布斯自由能有什么关系，烦请老师们不吝赐教，谢谢！

陌上芬菲 · 发表于 Post on 2016-10-6 14:07:15

讲得不太清楚，估计结构没弄对或者是扫描不对，总之什么可能都有，上.out文件看看。。。

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-10-6 15:50:26

不清楚你是柔性扫描还是刚性扫面的结果，如果有一个点的能量更低也许是存在另一种构型，取出这个构型进行频率分析，看看有没有虚頻

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-6 17:06:17

如果是刚性扫描，用柔性扫描再扫一遍。柔性扫描相当于限制性优化。
如果柔性扫描就是这种情况，比较0和180度分别优化后的电子能量。然后再比较自由能。

自由能和电子能量的关系看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123

xujian · 发表于 Post on 2016-10-8 08:44:37

sobereva 发表于 2016-10-6 17:06
如果是刚性扫描，用柔性扫描再扫一遍。柔性扫描相当于限制性优化。
如果柔性扫描就是这种情况，比较0和180 ...

谢谢sob老师，我看过了。Sum of electronic and zero-point Energies这一项的大小是跟scan得到的能量曲线一致的

xujian · 发表于 Post on 2016-10-8 08:45:23

三石草祭发表于 2016-10-6 15:50
不清楚你是柔性扫描还是刚性扫面的结果，如果有一个点的能量更低也许是存在另一种构型，取出这个构型进行频 ...

谢谢，是柔性扫描

xujian · 发表于 Post on 2016-10-8 08:48:00

陌上芬菲发表于 2016-10-6 14:07
讲得不太清楚，估计结构没弄对或者是扫描不对，总之什么可能都有，上.out文件看看。。。

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OSNCONconformer5.log (136.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

SCANOSNCONconformer3D5413.log (885.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-8 12:30:26

xujian 发表于 2016-10-8 08:44
谢谢sob老师，我看过了。Sum of electronic and zero-point Energies这一项的大小是跟scan得到的能量曲线 ...

不知道你想表达什么
这一项是U(0)，首先跟自由能就不同，除非你是考察G(0)
而且U(0)是对结构做振动分析得到的，你只能说U(0)曲线（假设你对scan曲线上各个点都做了freq来得到此量）和scan的曲线（电子能量）趋势一致，但数值明显不同。

只要你把基本计算流程问题、热力学量的基本关系搞明白，你的问题自然而然立马就弄明白了。

xujian · 发表于 Post on 2016-10-8 14:48:11

sobereva 发表于 2016-10-8 12:30
不知道你想表达什么
这一项是U(0)，首先跟自由能就不同，除非你是考察G(0)
而且U(0)是对结构做振动分 ...

是的sob老师，我想表达的是趋势一致，描述有误，谢谢您

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