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[GROMACS] 运行gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr 报错

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Level 5 (御坂)

最近按照讲义做蛋白质与配体复合物模拟的动力学,做自己的体系,加水之后,运行这一步命令
gmxgrompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
报错。各位老师帮忙看看,报错说54386行(我看就是SOL部分,不清楚具体什么原因)



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2#
发表于 Post on 2023-12-15 11:49:05 | 只看该作者 Only view this author
[ molecules ]部分不要带莫名其妙的空行

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
LIG_GMX             3
Protein_chain_A     3

一个moleculetype怎么能定义俩分子。认真搞懂培训班里的例子和拓扑文件的逻辑
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