请教一个四万个原子（包含水）的MD大概需要运行多久？

Newbee_Ccc

各位老师，打扰了，请教一个问题，以确定我软件安装或者设置没问题。之前我跑了一个蛋白体系，一共包含4万个原子，最后租了一个3090来跑，200ns花费了10个小时。想要继续延长时间，我就在公共的电脑上安装了gromacs，有两个4090显卡。但是在运行的时候，提示结束时间要到六个月后了。。。。。这种情况应该是我设置的有问题吗？在mdrun的时候没有提示“WARNING: Using the slow plain C kernels. This should not happen during routine usage on supported platforms”


如果问题不合适，还请见谅

月下之鸟

笔记本端 4060  3.8W原子 Linux gromacs2022.06 280ns/day

sobereva

弄清楚到底GPU加速利用了没有

并且跑半分钟后杀掉，看速度统计每天能跑多少ns

Newbee_Ccc

sobereva 发表于 2023-12-21 03:36
弄清楚到底GPU加速利用了没有

并且跑半分钟后杀掉，看速度统计每天能跑多少ns

感谢老师的回复！
我看了刚刚运行mdrun的提示如下
“On host cryo 2 GPUs selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 8 GPU tasks in the 8 ranks on this node:
  PP:0,PP:0,PP:0,PP:0,PP:1,PP:1,PP:1,PP:1
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged and most bonded interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
Using 8 MPI threads
Using 6 OpenMP threads per tMPI thread”

应该是调用了GPU加速了吧

Newbee_Ccc

sobereva 发表于 2023-12-21 03:36
弄清楚到底GPU加速利用了没有

并且跑半分钟后杀掉，看速度统计每天能跑多少ns

感觉跑的还是很慢吧
               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:    29654.310      617.817     4799.9
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:        5.818        4.125

snljty2

说清你的CPU型号。
4090不支持NVLink，恐怕不适合两张显卡跑一个任务。如果CPU带得动，应该用两张卡分别各跑一个任务，适当设定线程绑定，每个任务应该是-ntmpi 1 -ntomp xxx，xxx代表并行核数。用GPU版本如果不跨显卡跑任务，通常thread-MPI或者MPI的数量都应该设为1。

Newbee_Ccc

snljty2 发表于 2023-12-21 09:45
说清你的CPU型号。
4090不支持NVLink，恐怕不适合两张显卡跑一个任务。如果CPU带得动，应该用两张卡分别各 ...

感谢您的回复，CPU是Intel(R) Xeon(R) Gold 5318Y CPU @ 2.10GHz，也在论坛中找了一下，发现之前默认-ntmpi 弄成了8个  现在使用命令-ntmpi 1 -ntomp 24来运行，现在好像速度快了很多；此外，学习了“GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路”，这个发现我之前mdrun的命令中只写了 -nb gpu，现在还加上了-pme gpu，不知道是否也是影响了速度。

再次对您的回复表示感谢，学习到了很多东西。

snljty2

Newbee_Ccc 发表于 2023-12-21 09:51
感谢您的回复，CPU是Intel(R) Xeon(R) Gold 5318Y CPU @ 2.10GHz，也在论坛中找了一下，发现之前默认-ntm ...

这种CPU单核频率等因素不行，会明显拖累4090的速度。如果条件允许，建议参考Entropy.S.I的文章《性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试》和《2023年3月MD benchmark测试中篇 ——W790平台首发测试》，重配一台更合理搭配的服务器。另外追求速度的话，应该用尽量新的稳定版本的Gromacs，建议用不晚于2022.6的版本。
通常编译参数、运行参数等合理而且所用任务支持的话，-pme gpu是默认的。建议使用Linux系统，设定好内核绑定，并且考虑好主板上电路连接方式，让所选用CPU核心和用的对应的GPU是直连的。没有作业系统的话，用-gpu_id参数指定需要的GPU的ID，用-pin on -ntmpi 1 -ntomp xxx -pinoffset yyy指定CPU数量和内核绑定的起始位置。通常CPU不太烂的话，最优参数一般是-bonded cpu -nb gpu -pme gpu -update gpu。

Entropy.S.I

snljty2 发表于 2023-12-21 10:26
这种CPU单核频率等因素不行，会明显拖累4090的速度。如果条件允许，建议参考Entropy.S.I的文章《性能翻倍 ...

是-bonded cpu -update gpu
而非-bonded cpu -nb gpu -pme gpu

Entropy.S.I

用完全没有调优的简单粗暴的命令提交，只会自取其辱。必须认真学习gmx mdrun的并行调优。2019年的已经过时了。

对于你当前这种单核性能一塌糊涂的CPU，-bonded gpu或许更好，实际自行测试。但再怎么调优，预计最大性能只有13900KF+4090的不到80%，你的4090只能当4080用。

做benchmark必须关闭pme tuning，并通过-nsteps设置较少的步数，前者对结果的影响绝对不可忽视。

Newbee_Ccc

Entropy.S.I 发表于 2023-12-21 11:22
用完全没有调优的简单粗暴的命令提交，只会自取其辱。必须认真学习gmx mdrun的并行调优。2019年的已经过时 ...

感谢指导，会继续学习的

snljty2

Entropy.S.I 发表于 2023-12-21 11:20
是-bonded cpu -update gpu
而非-bonded cpu -nb gpu -pme gpu

不好意思忘了提醒了，多谢指正，我环境变量加了export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true，就忘了没做的话还要设置-update gpu这件事啦。