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[GROMACS] gmx集群提交任务,动态库找不到

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本帖最后由 linyushuang 于 2023-12-24 00:22 编辑

请问下,我在集群提交gmx任务的时候出现了 gmx: error while loading shared libraries: libcufft.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory 这个问题,后面我去找到了 ibcufft.so.11 的共享库,发现这个文件的owner是root账户,我是用普通用户提交的。后面我用root用户给这个文件增加了权限用的指令是 chmod 777 但还是会出现这个问题,这个应该怎么解决呢,是不是普通用户增加了权限还是无法访问这个库呀?

1703348520636.jpg (29.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

1703348520636.jpg

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发表于 Post on 2023-12-24 10:52:13 | 只看该作者 Only view this author
如果管理员或者软件工程师的职责范围包含,
协助用户处理应用软件运行相关事宜,
那么找管理员。

否则,你可能需要自己解决。

根据问题的描述来看,
你的操作,显示出,你对于集群是如何工作的不太了解。


最简单的处置措施,
让所有节点的系统镜像保持一致即可。
实现的方案很多,自己动手吧。
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更多讯息,请访问:
https://labitc.top
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电邮: ask@hpc4you.top

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发表于 Post on 2023-12-24 10:57:10 | 只看该作者 Only view this author
提交脚本里加上export LD_LIBRARY_PATH=/libcufft.so.11的路径:$LD_LIBRARY_PATH

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