计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 757|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 过渡态往反应物方向只跑了一步,但貌似并不属于sob老师博文中的情况

[复制链接 Copy URL]

141

帖子

0

威望

1058

eV
积分
1199

Level 4 (黑子)

如题,irc只往反应物方向跑了一步,生成物方向正常,详细拜读了sob老师的博文“在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题”论坛也看了好多帖子,但未找到解决方法,甚至还觉得我这个irc应该是正常的,但是因为是新手,只能在论坛学习,仍不确定自己的想法,来请教一下大神们的意见。
首先是过渡态,虚频为330.39,且方向连接产物和反应物,看起来的比较合理的,唯一的问题是与反应物挨的太近,这个应该是导致反应物方向只走一步的原因。过渡态搜索用的是混合基组,关键词如下
opt=(calcfc,ts,noeigen) freq m062x/gen nosymm em=gd3


1-5 8-93
6-31g(d,p)
****
6 7
6-31+g(d)
****



6和7号原子是脱氢羧基上的两个氧,为了节省时间只给他们加了弥散。irc用的也是混合基组,与ts一致,的关键词为:
IRC(calcfc,stepsize=3,maxpoint=60) nosymm em=gd3 m062x/gen


因为只往反应物方向跑了一步,参考sob老师的博文使用calcall,得到的过渡态与用calcfc一样,且虚频大小方向一致,所以应该不存在过渡态定位不准确的情况,继续跑过渡态,其他关键词无改动,反应物方向仍为一步。尝试加大步长,一旦超过5就会报错:Maximum number of corrector steps exceded。已经检查过IRC任务第一次输出的SCF Done能量和找过渡态最后一步的SCF Done是一致的。
下面是我跑的结构,图中6,43,53分别是O,H,N。过渡态O-H和N-H距离分别为1.16028,1.35170。反应物O-H和N-H距离分别为1.14710,1.36773。产物O-H和N-H距离分别为1.45117,1.11785。irc路径中过渡态那一点也是能量最高的点。之后单独取两段结构进行优化,都在20步左右就完成,结构与初始结构基本无差异,且无虚频。因为学生是第一次写这样的论文,有点拿不准是否正常,所以请教一下各位老师的意见,敬谢。

过渡态.png (242.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

过渡态.png

反应物.png (243.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

反应物.png

产物.png (243.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

产物.png

irc.png (150.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

irc.png
由衷感谢每位帮助我的好心人

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112393

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-12-28 11:13:19 | 只看该作者 Only view this author
IRC的stepsize越小越容易出这个问题

博文明确说了,较大IRC步长遇到Maximum number of corrector steps exceded可以靠用LQA、GS2等其它算法,或者recalc/calcall解决
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

141

帖子

0

威望

1058

eV
积分
1199

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-28 17:20:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-28 11:13
IRC的stepsize越小越容易出这个问题

博文明确说了,较大IRC步长遇到Maximum number of corrector steps  ...

谢谢sob老师解答,发帖的时候忘记说了。试过LQA,步长试过10,20,30,均只往反应物方向跑一步。之后换GS2,会报错GS2结构优化失败。calcall也试过了,还是只往反应物方向跑一步,然后就去走另一端了。
由衷感谢每位帮助我的好心人

199

帖子

2

威望

1526

eV
积分
1765

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2023-12-28 22:00:42 | 只看该作者 Only view this author
尝试使用IOp(1/108=-1)

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112393

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-12-29 04:17:33 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2023-12-28 17:20
谢谢sob老师解答,发帖的时候忘记说了。试过LQA,步长试过10,20,30,均只往反应物方向跑一步。之后换GS2 ...

还可以尝试更大步长
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

141

帖子

0

威望

1058

eV
积分
1199

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-29 08:46:15 | 只看该作者 Only view this author
ionexchangeC 发表于 2023-12-28 22:00
尝试使用IOp(1/108=-1)

谢谢建议,这个在论坛看到了,加上之后还是没用,不过现在已经用别的法子解决了
由衷感谢每位帮助我的好心人

141

帖子

0

威望

1058

eV
积分
1199

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-29 08:53:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-29 04:17
还可以尝试更大步长

谢谢sob老师关于步长的建议,之后尝试更大步长,结果只跑三个点,有点怀疑步长太大,遂尝试缩小,现在LAQ加上calcall,步长6,8都试了一下,已经成功跑出来了反应物端,两种步长分别跑出来3,5个点,反应物端曲线都及其平缓,接近直线。
由衷感谢每位帮助我的好心人

74

帖子

0

威望

1388

eV
积分
1462

Level 4 (黑子)

小趴菜

8#
发表于 Post on 2023-12-29 08:56:53 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2023-12-29 08:53
谢谢sob老师关于步长的建议,之后尝试更大步长,结果只跑三个点,有点怀疑步长太大,遂尝试缩小,现在LAQ ...

佬,看看你irc的输入文件呗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 18:32 , Processed in 0.172085 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list