VMD不能载入完整的轨迹应该怎么解决？

linyushuang · 发表于 Post on 2023-12-28 22:46:17

请问一下，我用cp2k模拟出xyz轨迹，用的是NPT系综，用脚本将xyz文件和cell文件结合成.gro文件（.gro文件用Gromacs后处理时帧数没有问题可以正常处理数据），但是在用vmd1.9.3（sob老师推荐的可以载入大内存的vmd版本）载入.gro文件的时候无法完整载入，一共35ps的轨迹，偶尔卡在第2540帧偶尔卡在2641帧，每次卡住的帧数都不一致。
1、这是因为vmd无法载入.gro大内存的文件吗？
2、有什么办法可以让vmd可以正常的导入这个带着晶格的.gro文件呢？
3、我用cp2k产生的是.xyz轨迹文件和.cell的晶格文件，如果.gro文件无法加载的话，还有什么办法可以给.xyz文件加上晶格呢？（不重新跑轨迹的情况下）

lyj714 · 发表于 Post on 2023-12-29 01:36:14

把整个gro轨迹通过gmx trjconv转成xtc轨迹，然后载入一帧gro，再把轨迹xtc加载到该体系上。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-29 04:45:19

如果xyz轨迹能完整载入，写个脚本从cell里读取每帧的盒子信息并定义

NPT系综我一般都建议用dcd格式，本身就带盒子信息。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我也专门说了

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