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[CP2K] 吸附了R-S-Li的Fe3C在结构优化到一半的时候吸附物就散开了,不知道是什么原因...

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本帖最后由 xtm123 于 2023-12-29 23:43 编辑

用cp2k算吸附能时,发现吸附了Li2S6的Fe3C在结构优化到一半的时候吸附物就散开了,Li2S6是自己用MS建的,直接吸附到晶胞优化完的Fe3C上,不知道是什么原因,请老师帮忙解答


202312292328143235..png (285.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

优化到一半散开的吸附了Li2S6的Fe3C

优化到一半散开的吸附了Li2S6的Fe3C

LFC.cif

14.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

吸附Li2S6的Fe3C的初始cif

LFC.inp

4.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输入文件

LFC.xyz

12.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

结构优化到一半的吸附文件

opt-1.restart

22.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输出文件

Li2S6.cif

1.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

吸附分子的初始结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-29 23:50:34 | 只看该作者 Only view this author

cp2k结构优化时,吸附物散开了

本帖最后由 xtm123 于 2023-12-29 23:50 编辑

用cp2k算吸附能时,发现吸附了R-S-Li的Fe3C在结构优化到一半的时候吸附物就散开了 RFC.xyz (13.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) ,R-S-Li是自己用MS建的,直接吸附到晶胞优化完的Fe3C上,不知道是什么原因,请老师帮忙解答

RSL.cif

1.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

吸附物的初始结构

RFC.cif

15.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

初始结构吸附了R-S-Li的cif

RFC.inp

4.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输入文件

opt-1.restart

22.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

输出文件

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发表于 Post on 2023-12-30 08:44:24 | 只看该作者 Only view this author
Z方向盒子尺寸偏小,难以满足MT的要求

S结合到基底上同时形成多个键,导致能量下降很多,由此自发破坏原先S-S键,未必有异常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-30 09:05:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xtm123 于 2023-12-30 09:35 编辑
sobereva 发表于 2023-12-30 08:44
Z方向盒子尺寸偏小,难以满足MT的要求

S结合到基底上同时形成多个键,导致能量下降很多,由此自发破坏原 ...

老师,请问Z方向的盒子是指Fe3C的吗?这个结构z方向是没有设置周期性的,这样z方向的尺寸是不是还会有影响?MT是指什么呢?

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发表于 Post on 2023-12-31 10:30:27 | 只看该作者 Only view this author
xtm123 发表于 2023-12-30 09:05
老师,请问Z方向的盒子是指Fe3C的吗?这个结构z方向是没有设置周期性的,这样z方向的尺寸是不是还会有影 ...


参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt里的说明




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-31 23:23:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-31 10:30
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt里 ...

谢谢老师  ,已经解决了

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