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[综合交流] CP2K的QM/MM跑纯水盒子任务无报错died

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本帖最后由 函数与激情 于 2023-12-30 16:47 编辑

尝试用CP2K的QM/MM方法去跑一个纯水盒子,诡异的现象是任务死掉后而没有任何报错,Log文件中只打印到一些CP2K的安装、版本信息后就戛然而止了。。

之前也尝试过CP2K的QM/MM模拟做些复杂体系,但是从没有遇到过这种情况,输入应该没有问题,也尝试了不同版本的安装版本,均是如此,请问有了解这是咋回事的吗?

  1. DBCSR| CPU Multiplication driver                                           XSMM
  2. DBCSR| Multrec recursion limit                                              512
  3. DBCSR| Multiplication stack size                                           1000
  4. DBCSR| Maximum elements for images                                    UNLIMITED
  5. DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                   1   
  6. DBCSR| Use multiplication densification                                       T   
  7. DBCSR| Multiplication size stacks                                             3   
  8. DBCSR| Use memory pool for CPU allocation                                     F   
  9. DBCSR| Number of 3D layers                                               SINGLE
  10. DBCSR| Use MPI memory allocation                                              F   
  11. DBCSR| Use RMA algorithm                                                      F   
  12. DBCSR| Use Communication thread                                               T   
  13. DBCSR| Communication thread load                                             87  
  14. DBCSR| MPI: My node id                                                        0   
  15. DBCSR| MPI: Number of nodes                                                   1   
  16. DBCSR| OMP: Current number of threads                                         1   
  17. DBCSR| OMP: Max number of threads                                             1   
  18. DBCSR| Split modifier for TAS multiplication algorithm                  1.0E+00


  19.   **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2023-12-30 16:32:40.673
  20. ***** ** ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                                 node2
  21. **    ****   ******    PROGRAM STARTED BY                                  user
  22. ***** **    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                133482
  23.   **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN           /share/home/user/work//qmmm

  24. CP2K| version string:                                          CP2K version 9.1
  25. CP2K| source code revision number:                                  git:d8d7100
  26. CP2K| cp2kflags: omp libint fftw3 libxc pexsi elpa parallel mpi3 scalapack cosm
  27. CP2K|            a quip xsmm plumed2 spglib mkl sirius libvori libbqb
  28. CP2K| is freely available from                            https://www.cp2k.org/
  29. CP2K| Program compiled at                          Wed May 17 18:52:52 CST 2023
  30. CP2K| Program compiled on                                                   mgr
  31. CP2K| Program compiled for                                                local
  32. CP2K| Data directory path                       /share/apps/cp2k-9.1-mpich/data
  33. CP2K| Input file name                                                    md.inp
复制代码
slurm中显示是一些看不懂的信息
  1. Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

  2. Backtrace for this error:
  3. #0  0x2acf898cf3ff in ???
  4. #1  0x2d1d995 in __cp_units_MOD_cp_unit_to_cp2k1
  5.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/common/cp_units.F:1125
  6. #2  0x2d209cd in __cp_units_MOD_cp_unit_to_cp2k
  7.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/common/cp_units.F:1196
  8. #3  0x18de03c in __force_fields_ext_MOD_read_force_field_amber
  9.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/force_fields_ext.F:768
  10. #4  0x18bdd34 in __force_fields_MOD_force_field_control
  11.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/force_fields.F:161
  12. #5  0x1888cc3 in __fist_environment_MOD_fist_init
  13.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/fist_environment.F:179
  14. #6  0x10b3a7f in __qmmm_create_MOD_qmmm_env_create
  15.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/qmmm_create.F:237
  16. #7  0xe13c7a in __f77_interface_MOD_create_force_env
  17.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/f77_interface.F:802
  18. #8  0x85b449 in cp2k_run
  19.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k_runs.F:309
  20. #9  0x85f731 in __cp2k_runs_MOD_run_input
  21.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k_runs.F:991
  22. #10  0x859efd in cp2k
  23.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k.F:387
  24. #11  0x516ddc in main
  25.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k.F:44

  26. ===================================================================================
  27. =   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
  28. =   PID 133482 RUNNING AT node2
  29. =   EXIT CODE: 139
  30. =   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
  31. =   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
  32. ===================================================================================
  33. YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)
  34. This typically refers to a problem with your application.
  35. Please see the FAQ page for debugging suggestions
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发表于 Post on 2024-4-17 11:40:09 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问你的问题解决了吗?

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