超晶体中提取分子/分子对

janeli1995 · 发表于 Post on 2016-10-13 09:04:48

文献中是这样写的：先建了一个supercell，然后进行MD，然后对每个snapshot计算10个分子的HOMO和计算19个分子对的转移积分。想问一下分子/分子对的坐标是怎么提取的？因为MD的结果得到的是所有原子的坐标，如何知道自己要提取的是哪些原子？谢谢！
A supercell containing 64 molecules of rubrene was built replicating the crystal unit cell four, two, and four times, respectively along the crystallographic axes a, b, and c. The MD simulation at constant temperaturewas run using the MM3 force field (2 fs integration step) taking 1500 snapshots every 60 fs for the quantum chemical study. For each snapshot, the highest-occupied molecular orbital (HOMO) orbital of 10 distinct mole- cules was computed with the INDO/S Hamiltonian and the transfer integral s between 19 pairs of neighboring molecules was computed as in the literature.

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-13 18:20:29

VMD载入模拟轨迹后，每个分子都会有一个独立的fragment（或residue）编号。按数字键1，点击靠图中中央的一个原子，看这个原子所在分子的fragment编号（比如是19）。然后file-save coordinate的时候选择范围可以写比如same fragment as within 8 of fragment 19，这样就把fragment 19和周围8埃内的完整的其它分子也都保存下来了。如果哪有不合适的，可以在gview之类程序里再删减。

janeli1995 · 发表于 Post on 2016-10-13 20:13:53

sobereva 发表于 2016-10-13 18:20
VMD载入模拟轨迹后，每个分子都会有一个独立的fragment（或residue）编号。按数字键1，点击靠图中中央的一 ...

谢谢！太有用啦！

janeli1995 · 发表于 Post on 2016-10-14 00:25:41

sobereva 发表于 2016-10-13 18:20
VMD载入模拟轨迹后，每个分子都会有一个独立的fragment（或residue）编号。按数字键1，点击靠图中中央的一 ...

请问为什么按1之后点击图像没有反应呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-14 01:18:23

janeli1995 发表于 2016-10-14 00:25
请问为什么按1之后点击图像没有反应呢？谢谢！

按1之后图形窗口中的光标会变成十字

janeli1995 · 发表于 Post on 2016-10-14 02:38:41

sobereva 发表于 2016-10-14 01:18
按1之后图形窗口中的光标会变成十字

谢谢！按1没反应但是在菜单栏可以把十字光标调出来就可以了~谢谢啦！

janeli1995 · 发表于 Post on 2016-10-16 01:15:17

sobereva 发表于 2016-10-14 01:18
按1之后图形窗口中的光标会变成十字

老师您好！我现在用VMD提取了单个分子的轨迹。我想得到homo关于时间的变化，请问应该怎么把轨迹变成一个个单独的高斯输入文件，以便用这个脚本http://sobereva.com/258进行批量计算呢？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-16 02:53:59

janeli1995 发表于 2016-10-16 01:15
老师您好！我现在用VMD提取了单个分子的轨迹。我想得到homo关于时间的变化，请问应该怎么把轨迹变成一个 ...

步骤比较多。你得自己写脚本或者程序，把xyz轨迹文件里的每一帧结构提取出来产生gjf文件，然后批量运算，批量将chk转换成fch，然后调用Multiwfn读取每个fch文件计算出轨道等值面图（或者产生大一批结构的HOMO的cube文件，再在VMD里写脚本读取、显示和保存图像）

此文有一些可以参考的信息
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200

wei · 发表于 Post on 2016-10-16 22:58:02

sobereva 发表于 2016-10-16 02:53
步骤比较多。你得自己写脚本或者程序，把xyz轨迹文件里的每一帧结构提取出来产生gjf文件，然后批量运算 ...

请问sob，如果是只有一帧的有机分子晶体超胞，想选择某一分子周围半径以内的所有分子，该如何操作。我试了一下vmd的上述操作，似乎未见as within 8 of fragment 19这样的功能。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-16 23:31:11

wei 发表于 2016-10-16 22:58
请问sob，如果是只有一帧的有机分子晶体超胞，想选择某一分子周围半径以内的所有分子，该如何操作。我试 ...

就是这么操作
你在graphics-representation的selected atom里面输入这种选择语句
比如输入fragment 19，发现是你想要的分子，再改为输入within 9 of fragment 19，就会选择附近9埃内所有原子。如果输入same fragment as within 9 of fragment 19，则会把那些分子保留完整

wei · 发表于 Post on 2016-11-3 12:43:02

谢谢！

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[综合交流] 超晶体中提取分子/分子对