求助ambpdb生成PDB文件出错

themanell

老师们好，我正在用MCPB.PY生成金属蛋白的力场参数，在用H++生成蛋白的拓扑和坐标文件后，其是显示在网页上，我将其复制到我自己创建的文件中去，然后运行ambpdb -p 0.15_80_10_pH6.5_cxm3.top -c 0.15_80_10_pH6.5_cxm3.crd > cxm3_H.pdb，出现如下报错，请问下是什么原因啊

卡卡-14

解决了吗？我也遇到了

Prisca

这个报错好像是因为H++现在生成的top文件里包含CMAP标签，而ambpdb（包括cpptraj）格式解析比较严格。
ParmEd的解析兼容度似乎更高一些，
在官方文档里有写可以传入拓扑文件prmtop“The primary file in Amber defining the system topology and the parameters defining the force field for that system is called the prmtop file, whose format is detailed on http://ambermd.org/formats.html. There are several variants of this extensible file format, and these parsers rigorously implement the format specification.”以及坐标文件“The main class that deals with this is the Rst7 class. This class will automatically detect the file format of any inpcrd/restart file, and whether velocities and/or unit cell information is present. There are 2 ways you can instantiate a Rst7.”，成功绕过了这个报错：
echo -e "outpdb Protein_H.pdb\nquit" | parmed 0.15_80_10_pH6.5_cxm3.top -c 0.15_80_10_pH6.5_cxm3.crd，
如果有不对之处，还请各位前辈指正
补充：
应该也可以直接删除含有CMAP_INDEX这一行，再运行ambpdb命令
ParmEd：ATOM      1  N   ILE     1     134.616  81.244 122.818  0.00  0.00           N  
ambpdb：ATOM      1  N   ILE     1     134.616  81.244 122.818  1.00  0.00           N  
差别在于占有率不同，我使用的时候抽查了开头结尾和中间几个残基，以及原子数量都是一样的