用phonopy计算声子谱，出现这样提示，咋解决？

wmg166

请教大神，我输入：sbatch sub.sh  
              出现提示：sbatch: error: Batch script contains DOS line breaks (\r\n)

sbatch: error: instead of expected UNIX line breaks (\n).


phonopy环境已经帮您处理好了
测试路径：/public1/home/scb3341
测试脚本：sub.sh （请按需修改使用核数/节点数/队列/运行命令等信息）
提交作业：sbatch  sub.sh
查看作业情况：squeue
结束作业：scancel  作业号（作业号执行squeue即可查看到）
实时查看输出文件：tail -f   文件名

[爱心]温馨提示：
以上脚本，是一个模板，您根据您算例的实际情况进行调整或二次修改。建议您先用简单小算例进行测试，没有问题再进行大规模计算，有不清楚的，随时联系我们[握手]"
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给您写的脚本是用phonopy的，您要计算vasp的话用其他vasp脚本

wsz

先执行 dos2unix sub.sh

wmg166

wsz 发表于 2024-1-5 16:50
先执行 dos2unix sub.sh

日志文件得到这个： /var/spool/slurm/d/job3805101/slurm_script: line 10: /public1/home/scb3341/Si: Is a directory

没有数据

后来提示：
/var/spool/slurm/d/job3805138/slurm_script: line 10: /public1/home/scb3341/Si/xxx.py: No such file or directory

乐平

报错提示写得很清楚，sub.sh 脚本的每行结尾换行符是 DOS 的类型 \r\n，而不是 UNIX 的换行符 \n

2 楼也说了解决方案，在 Linux 命令行里运行

1. dos2unix sub.sh

复制代码

这样就能把 sub.sh 脚本里每行的换行符类型转成 UNIX 的换行符

如果你的 Linux 系统里没有 dos2unix 程序，可以安装一下，如果你没有权限，找管理员帮你安装。