如何对蛋白质pdb文件进行乙酰化处理

邹惠珍 · 发表于 Post on 2024-1-5 17:05:42

我准备对一个蛋白质中某一丝氨酸进行乙酰化处理后跑md，请问有amber能进行此类处理吗？如果不能或许有什么软件能完成这类处理。

CAOPEIFANG · 发表于 Post on 2024-1-18 10:10:21

同求助，请问你解决了吗

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-1-21 14:34:45

Amber Tools 可以处理的，可以参照教程《非标准氨基酸残基的构建》，将乙酰化的残基视作非标残基即可。

呆瓜 · 发表于 Post on 2024-1-21 23:18:04

gromacs就支持，把乙酰化后的氨基酸残基信息写入到rtp文件就可以了

哼哼2001 · 发表于 Post on 2024-11-14 16:30:10

您的乙酰化修饰最终选择的什么方式添加的呀，我现在也遇到了这个问题。

202422901008 · 发表于 Post on 2025-2-25 10:30:10

哼哼2001 发表于 2024-11-14 16:30
您的乙酰化修饰最终选择的什么方式添加的呀，我现在也遇到了这个问题。

您好，请问解决了吗，我也遇到了这个问题

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