计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 915|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] TIP5P水模型异常汽化bug

[复制链接 Copy URL]

369

帖子

5

威望

4082

eV
积分
4551

Level 6 (一方通行)

Nerv

本帖最后由 Lacrimosa 于 2024-3-30 15:10 编辑

如题,TIP5P水模型,在体系尺寸超过5万水分子时开始出现汽化:
所用的tip5p模型来自amber99sb.ff, gromacs版本为2021.7.GPU和2023.4.GPU,估计至今没有修复这个bug

测试10万水分子的tip4p/ice水模型体系, 未观察到汽化现象;

模拟参数及结果大致如下
T=273K, P=1 bar, 模拟时间1ns, 步长2fs,  0.9 nm cut-off (与原文一致), 控温控压各种参数排列组合都测试过
分子数:              10000    50000-100000 (该体系在lammps中模拟结果正常,说明不是tip5p水模型的问题)
密度(kg/m^3):   1            汽化




God's in his heaven,all is right with the world

369

帖子

5

威望

4082

eV
积分
4551

Level 6 (一方通行)

Nerv

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-30 15:05:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lacrimosa 于 2024-3-30 15:08 编辑

这个bug已经反馈到gromacs论坛了,目前还在等待回复。
希望有条件的大佬能帮忙在旧版本的gromacs上测试一下,交流一下结果,在此先谢过了
top和mdp文件如下:
#-----top----------
Include forcefield parameters
#include “amber99sb.ff/forcefield.itp”
#include “amber99sb.ff/tip5p.itp”

[ system ]
; Name
ICE in water

[ molecules ]
; Compound #mols
SOL 110310
#--------------------

#----mdp--------
constraints = hbonds
constraint_algorithm = LINCS
integrator = md
dt = 0.002 ; ps !
nsteps = 5000000 ;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 5000
nstenergy = 500
nstxtcout = 500
nstlist = 10
cutoff-scheme = verlet
ns_type = grid
coulombtype = PME
rlist = 0.9
rcoulomb = 0.9
rvdw = 0.9
pbc = xyz
optimize_fft = yes
nstcomm = 100
comm-grps = System
tcoupl = V-rescale
tc-grps = system
tau_t = 1
ref_t=273
energygrps = system
Pcoupl = C-rescale
Pcoupltype = isotropic
tau_p = 2
compressibility = 4.5e-5
ref_p=1
gen_vel = yes
gen_temp=273
gen_seed = -1
dispcorr =Enerpres
#------------------------------------
God's in his heaven,all is right with the world

369

帖子

5

威望

4082

eV
积分
4551

Level 6 (一方通行)

Nerv

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-1 09:57:56 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2024-3-30 15:05
这个bug已经反馈到gromacs论坛了,目前还在等待回复。
希望有条件的大佬能帮忙在旧版本的gromacs上测试一 ...

2018.8版本是正常的
God's in his heaven,all is right with the world

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 03:00 , Processed in 0.212177 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list