packmol找不到指定输入文件求助

吕安琪

各位老师，我在windows下运行packmol时出现以下错误，找不到指定文件，但是我将packmol.exe和所需的inp和文pdb件都放在了同一个文件夹下面了，请问该如何解决？

牧生

你的pdb文件放在哪里的？？

inp里面写的啥

吕安琪

牧生 发表于 2024-1-15 20:29
你的pdb文件放在哪里的？？

inp里面写的啥

mix_box.inp文件的内容如下：
#
# Abulk box
#

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
filetype pdb
output mix_box.pdb

structure input.pdb
number 50
inside cube 0. 0. 0. 20
inside box 0. 0. 0. 20. 20. 20.
end structure

吕安琪

牧生 发表于 2024-1-15 20:29
你的pdb文件放在哪里的？？

inp里面写的啥

pbd文件被命名为input，和packmol.exe和mix_box.inp均在同一个文件夹下面

七尺贱

你不如把文件发出来让大家看看

牧生

我和你写的不一样哦。我写的pdb，你写的pbd。此外，建议把所有文件的后缀名都显示出来哦。
如果仍有各种疑问，详细阅读
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

吕安琪

七尺贱 发表于 2024-1-16 09:37
你不如把文件发出来让大家看看

好的 我已经将pdb文件和inp文件分别上传了 麻烦帮忙看一下问题 按照贴子里的做了还是会出现错误 谢谢啦

吕安琪

牧生 发表于 2024-1-16 09:59
我和你写的不一样哦。我写的pdb，你写的pbd。此外，建议把所有文件的后缀名都显示出来哦。
如果仍有各种疑 ...

不好意思 我写错啦  我把pdb文件和inp文件都上传了 都是按照这个帖子做的 还是会报错 麻烦帮忙看一下 谢谢啦

牧生

试了一下，可以建立盒子的。不过还是建议把盒子再设的稍微大点，让分子分布稀疏一点，比较容易成功建立合理。问题出在inp文件不是pdb文件。

你先搞清楚什么是后缀名。XXX.inp.pdb和XXX.inp是不一样的东西哦，改了以后就可以成功的。