请教金属配位笼的优化方法，优化过程不收敛

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-18 11:16:34

本帖最后由 Tracy民工于 2024-1-28 12:10 编辑

计算内容：我的结构是含吡咯吡啶环的有机配体和金属Zn配位形成的笼状结构，结构如图所示。中间包合了铵根离子，共有462个原子，想通过结构优化看笼子构象变化。关键词是：# opt=gdiis freqm062x 6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=n,n-dimethylformamide)。

请教各位老师：结构没有发生持续震荡，但是一直不收敛。读了Sob老师的收敛方法和泛函选择，不确定这种情况优先尝试怎样的方法继续优化。

1.提高积分格点opt=superfine。 2.改变泛函采用wB97XD。 3.对大的有机体系，且含Zn过渡金属，采用b3lyp em=gd3bj。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-1-18 12:05:35

462个原子能优化100多步，这说明你机器配置不错，并且花了很多机时。
提高积分格点是int=superfine，不是opt=superfine，当然我不建议你提高积分格点，用g16默认的ultrafine就挺好。
不用写pcm，这是默认的，多此一举了。不建议写GDIIS。
建议先用GFN2-xTB优化一下，然后用B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d)优化一下，最后换成你想要的计算级别。

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-18 12:50:54

zjxitcc 发表于 2024-1-18 12:05
462个原子能优化100多步，这说明你机器配置不错，并且花了很多机时。
提高积分格点是int=superfine，不是o ...

谢谢您，我的服务器48核，优化了七天得到现在的结果，之前不用GDIIS的时候总是报错。

tsgyls · 发表于 Post on 2024-1-18 14:09:05

根据我的经验，金属笼就是比较难收敛，一周时间也还算可以接受

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-18 16:14:09

嗯嗯，主要是感觉趋势太平，不太对

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-18 16:14:36

tsgyls 发表于 2024-1-18 14:09
根据我的经验，金属笼就是比较难收敛，一周时间也还算可以接受

嗯嗯，主要是感觉趋势太平，不太对

阿甘 · 发表于 Post on 2024-1-18 16:54:54

Tracy民工发表于 2024-1-18 16:14
嗯嗯，主要是感觉趋势太平，不太对

GaussView看到能量变化趋势太平是因为在六十几步的时候出现了一个非常异常的电子能量导致的，你可以试试在log文件里面找到这一圈，并且把这一圈的所有输出信息删掉再丢给GaussView看下。或者自己用个命令把每一步的SCF能量读下来，随便用Excel或者Origin作图，记得作图前要先把六十几步的那个非常异常的电子能量去掉。

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-18 17:15:54

阿甘发表于 2024-1-18 16:54
GaussView看到能量变化趋势太平是因为在六十几步的时候出现了一个非常异常的电子能量导致的，你可以试试 ...

谢谢您，我好像理解了，是他把坐标轴拉大了，所以变化趋势不明显了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-19 02:49:19

用PBE0-D3(BJ)/6-31G*（Zn用SDD）优化这玩意

M06-2X优化这东西自讨苦吃，又没任何优点，速度又慢，又容易因为对积分格点要求高而难收敛、出虚频

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-19 10:37:20

sobereva 发表于 2024-1-19 02:49
用PBE0-D3(BJ)/6-31G*（Zn用SDD）优化这玩意

M06-2X优化这东西自讨苦吃，又没任何优点，速度又慢，又容 ...

谢谢老师~我再试试

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-28 12:12:23

sobereva 发表于 2024-1-19 02:49
用PBE0-D3(BJ)/6-31G*（Zn用SDD）优化这玩意

M06-2X优化这东西自讨苦吃，又没任何优点，速度又慢，又容 ...

Sob老师，按您说的重新算了下，现在跑到140步，48核大概8天时间，结构看起来比之前方法正常多了，想请教下现在这个趋势是ok的吗？（已将重新优化后的趋势图更新于原帖下方）

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-29 04:31:24

Tracy民工发表于 2024-1-28 12:12
Sob老师，按您说的重新算了下，现在跑到140步，48核大概8天时间，结构看起来比之前方法正常多了，想请教 ...

优化中期开始几何优化收敛得有点慢，参考下文的做法帮助收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

曲线一定要放大后期看，否则没法分辨收敛情况

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-1-29 08:25:45

sobereva 发表于 2024-1-29 04:31
优化中期开始几何优化收敛得有点慢，参考下文的做法帮助收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法 ...

谢谢老师，刚放大看了下能量和受力还是有收敛的趋势的，再等等看看

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] 请教金属配位笼的优化方法，优化过程不收敛