请教：导师让我自学MD 做有关聚合物模拟 学什么软件比较好呀？

玉子ogmi

看了许多帖子，大概是用GROMACS或者LAMMPS或MS做聚合物模拟的。我导主要想让我探究聚合物反应过程的模拟。看了社长大大的帖子，想学GROMACS，但我导让我学MS，整一个人现在就是一头雾水。不知道该怎么学。

乐平

首先，你的导师是做计算方向的吗？ 如果不是，那趁早跑路……  如果是，那应该先问他

玉子ogmi

乐平 发表于 2024-1-18 14:29
首先，你的导师是做计算方向的吗？ 如果不是，那趁早跑路……  如果是，那应该先问他

他不是，他是主要做实验的，然后想用模拟验证实验 就想让我去模拟。。。。

murphy

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 15:26
他不是，他是主要做实验的，然后想用模拟验证实验 就想让我去模拟。。。。

坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

gauss98

现在的导师真不配导师
自己不会让学生摸索

聚合物反应是说在催化剂上聚合吗？这个用量子化学，
聚合物材料性能模拟则不涉及化学键变化，用分子动力学或者粗粒化模型
跟量子化学不是一个方向的

Weldingspock

gauss98 发表于 2024-1-18 15:44
现在的导师真不配导师
自己不会让学生摸索

这种导师，做出来是他的功劳，指导有方。做不出来就是你废物，啥都不会

玉子ogmi

gauss98 发表于 2024-1-18 15:44
现在的导师真不配导师
自己不会让学生摸索

已经头要秃了，刚研一 最初在做ASPEN缩聚模拟 模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点 让我构建碳量子点模型分析 荧光性能  我就又学高斯 学量子化学，昨天晚上让我把聚合反应的模拟用MD进行模拟，探究反应过程，我对MD一窍不通，了解了大半天，就有一个疑问分子动力学模拟能够模拟是否发生聚合反应吗？我搜的资料基本都是对某个聚合物进行性能模拟，或者交联聚合，或者对基态进行模拟。

玉子ogmi

murphy 发表于 2024-1-18 15:29
坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

打算参加一下GMX的培训 假如他给我报销的话，我也觉得MS目前 我能接触的资料太杂 太乱 理不清楚

万里云

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 15:26
他不是，他是主要做实验的，然后想用模拟验证实验 就想让我去模拟。。。。

主要做实验，用模拟验证实验

要素齐全，建议跑路。

chaojichaoji

murphy 发表于 2024-1-18 15:29
坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

请问为什么MS毫无用处啊，我跟楼主情况类似，刚开始学MS

ahxb

chaojichaoji 发表于 2024-1-18 16:44
请问为什么MS毫无用处啊，我跟楼主情况类似，刚开始学MS

计算慢，功能少，价格贵，不能用于大部分MD建模，对MD基本无用。

sobereva

chaojichaoji 发表于 2024-1-18 16:44
请问为什么MS毫无用处啊，我跟楼主情况类似，刚开始学MS

M$价格超贵，其中做动力学的forcite模块速度比gromacs慢数量级的程度，而且参数控制、导入、导出等非常不灵活，严重非主流，这也导致用M$做这方面研究的人越来越少，以后遇到问题都很难找到人帮你。从下面的投票中你也能知道M$如今是什么处境。在15年前那会儿，学学M$也就罢了，还能有一点价值，如今这年头还学M$真是毫无前途，花时间精力学习和使用早晚也会后悔。而且即便你好不容易算完了，在投稿之前，导师都大概率不会花那么多钱买M$，到时候都白算。
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）

就怕那种完全不懂还乱指挥的导师。如果自己没有主见、盲目听这样导师的安排，后果就是不断碰壁，最后延期毕业。导师没什么损失，而自己就吃亏大了。如今这样的导师太多了。

sobereva

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 16:00
已经头要秃了，刚研一 最初在做ASPEN缩聚模拟 模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点 让我构 ...

能否模拟聚合反应取决于你用什么方式做动力学，这不是动力学模拟本身的问题
你若用非反应力场，自然模拟不了化学反应。如果用反应力场，或者从头算动力学，都是可以模拟反应的发生的。
建议你把此文先看看
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

gauss98

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 16:00
已经头要秃了，刚研一 最初在做ASPEN缩聚模拟 模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点 让我构 ...

说句不好听的话
感觉你这位导师属于对于计算啥也不懂，基本概念都没有样子
aspen模拟，MD模拟，聚合反应模拟和荧光分析，属于不同领域，他竟然让你一个学生自己从头摸索
谨慎觉得，就算你自学通了，算的东西他也不知道怎么用
不如曝光一下学校让师弟避坑

KSeGaSn

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 16:00
已经头要秃了，刚研一 最初在做ASPEN缩聚模拟 模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点 让我构 ...

哥们直接拒绝吧 从ASPEN 到量子点 到荧光 再到MD模拟反应 纯做实验的让学生自学模拟的情况下自学一个都已经挺坑的了 你这属于五毒俱全 进了这个坑 我怀疑你不精通从电子结构到化工流程的全套模拟都得被老板PUA死 而且不管是发文章还是搞项目 之后你也没什么太大收益 直接拒绝安心搞你们组正常的、能完全属于你自己的课题。