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[综合交流] 哪些程序可以支持算含锕系元素体系的动力学过程,且能否设置模拟环境的浓度?

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请问那些程序可以支持算含锕系元素体系的动力学过程,且能否设置模拟环境的浓度?

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发表于 Post on 2024-1-19 16:17:17 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS、CP2K等都可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 19:17:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 16:17
GROMACS、CP2K等都可以

GROMACS似乎不能够支持算锕系元素,请问CP2K改如何设置溶液环境的物质浓度,能否设立在一个水盒子中进行动力学模拟?

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发表于 Post on 2024-1-19 20:14:57 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-1-19 19:17
GROMACS似乎不能够支持算锕系元素,请问CP2K改如何设置溶液环境的物质浓度,能否设立在一个水盒子中进行 ...

显然有合适的力场就能支持,用sobtop就能创建拓扑文件,锕系的LJ参数让sobtop用UFF的参数就完了
参考sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里的大量例子,以及下文
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html

浓度是建模层面的事,不是模拟程序的事。利用packmol、gromacs自带的insert-molecules等建模,插入恰当数目的分子就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-31 18:38:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 16:17
GROMACS、CP2K等都可以

老师,您好。我还想请教下,用CP2K做分子动力学模拟,怎样来设置为溶液环境,如何来选择水模型的类型?

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发表于 Post on 2024-1-31 21:03:13 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-1-31 18:38
老师,您好。我还想请教下,用CP2K做分子动力学模拟,怎样来设置为溶液环境,如何来选择水模型的类型?

cp2k是第一性原理程序啊,水分子直接OHH三个原子就是了

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发表于 Post on 2024-2-1 02:58:44 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-1-31 18:38
老师,您好。我还想请教下,用CP2K做分子动力学模拟,怎样来设置为溶液环境,如何来选择水模型的类型?

没法一概而论,必须说清楚具体情况
诸如CP2K可以用SCCS隐式溶剂模型,可以做QM/MM动力学模拟用SPC/E之类经典水模型,也可以完全做第一性原理动力学把水也用量子化学方式描述(此时就没水模型的事)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-1 17:56:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-1 02:58
没法一概而论,必须说清楚具体情况
诸如CP2K可以用SCCS隐式溶剂模型,可以做QM/MM动力学模拟用SPC/E之类 ...

老师,我需要计算的是模拟实验在溶液中的体系,需要同时使用隐式溶剂和显示溶剂水。CP2K中对隐式溶剂的选择该怎么了解呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-1 18:08:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-1 02:58
没法一概而论,必须说清楚具体情况
诸如CP2K可以用SCCS隐式溶剂模型,可以做QM/MM动力学模拟用SPC/E之类 ...

还有,需要请教SCCS隐式溶剂模型的关键词该怎么写,写在哪里?

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发表于 Post on 2024-2-2 01:55:45 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-2-1 17:56
老师,我需要计算的是模拟实验在溶液中的体系,需要同时使用隐式溶剂和显示溶剂水。CP2K中对隐式溶剂的选 ...

隐式水模型一律用SCCS就完了
相关细节多得很,坑很多,几句话说不清楚,在北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里的“隐式溶剂模型的使用”部分有对理论和细节的全面介绍

Multiwfn创建CP2K输入文件的界面里可以直接打开SCCS
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
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