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[新手求助] 关于吸附体系不同基组算出吸附能结果相差较大的问题

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各位老师,本人刚入计算化学不久,我想请教一下,在算存在空位的吡啶片段吸附有机物的吸附能时,为什么我换基组用m062x/def2tzvp高精度算单点能会和原来的吸附能结果相差这么大,这数值是正常的吗,因为结果已为正,所以这里就没用bsse矫正了。另外,这种物理吸附也是用Eads=EAB-EA-EB计算吗?

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发表于 Post on 2024-1-19 15:16:03 | 只看该作者 Only view this author
你的PFOS可能算错了,或者数据读取错误,建议检查一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 15:29:14 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-1-19 15:16
你的PFOS可能算错了,或者数据读取错误,建议检查一下

重新看了下数据应该是对的

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发表于 Post on 2024-1-19 20:05:53 | 只看该作者 Only view this author
对比时,不要同时改变两种影响结果的因素
哪能一个用IEFPCM算相互作用能,一个用SMD算相互作用能,完全没可比性,前者都没考虑溶剂的非极性效应的影响

结果已为正,所以这里就没用bsse矫正了” 完全没逻辑。只要当前基组研究当前问题的BSSE问题不可忽略,你对精度又有要求,都必须考虑BSSE问题

若不用Eads=EAB-EA-EB你还打算怎么算?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 23:26:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 20:05
对比时,不要同时改变两种影响结果的因素
哪能一个用IEFPCM算相互作用能,一个用SMD算相互作用能,完全没 ...

因为如果加上bsse矫正的话正值更大了,所以怀疑数据可能有问题就没进一步计算了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 23:29:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 20:05
对比时,不要同时改变两种影响结果的因素
哪能一个用IEFPCM算相互作用能,一个用SMD算相互作用能,完全没 ...

老师,您这说对比时,不要同时改变两种影响结果的因素的意思是说都用smd进行比较是吗

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发表于 Post on 2024-1-20 06:49:12 | 只看该作者 Only view this author
RgH 发表于 2024-1-19 23:29
老师,您这说对比时,不要同时改变两种影响结果的因素的意思是说都用smd进行比较是吗

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发表于 Post on 2024-1-20 06:50:57 | 只看该作者 Only view this author
RgH 发表于 2024-1-19 23:26
因为如果加上bsse矫正的话正值更大了,所以怀疑数据可能有问题就没进一步计算了

先拿电子能量求差说事,算出来为正一定是计算方式不当
由于结合过程熵显著减小,除非焓变足够负,否则温度不很低的情况下结合导致自由能增加是极其正常的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 08:51:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 RgH 于 2024-1-20 09:15 编辑
sobereva 发表于 2024-1-20 06:50
先拿电子能量求差说事,算出来为正一定是计算方式不当
由于结合过程熵显著减小,除非焓变足够负,否则温 ...

请问老师,这样的计算方式的不当的话那又该如何进行计算呢

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发表于 Post on 2024-1-20 23:19:09 | 只看该作者 Only view this author
RgH 发表于 2024-1-20 08:51
请问老师,这样的计算方式的不当的话那又该如何进行计算呢

B3LYP优化弱相互作用体系连D3都不加,这已经就是最明显的严重不当
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

其它隐藏的可能的不当,没具体输入输出文件别人没法判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-21 00:16:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 RgH 于 2024-1-21 00:40 编辑
sobereva 发表于 2024-1-20 23:19
B3LYP优化弱相互作用体系连D3都不加,这已经就是最明显的严重不当
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候 ...

优化的时候有加gd3bj了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 09:10:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-20 23:19
B3LYP优化弱相互作用体系连D3都不加,这已经就是最明显的严重不当
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候 ...

老师,我又重新整理了一下数据,优化全部用的是opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3bj,然后分别用m062x/def2tzvp和b3lyp/6-311+g(d,p)在smd溶剂模型下计算了能量进行对比,m062x/def2tzvp最后计算所得吸附能为8.4777kj/mol,b3lyp/6-311+g(d,p)最后计算所得吸附能为-27.1608kj/mol,望有空的时候帮我看看输入文件是否合理

data.rar

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发表于 Post on 2024-1-24 10:41:38 | 只看该作者 Only view this author
你用了自由能校正后的值计算吸附能,这样计算的实际上是结合自由能。双分子结合为复合物后熵减小,因此结合自由能为正也很正常。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 14:16:07 | 只看该作者 Only view this author
ahxb 发表于 2024-1-24 10:41
你用了自由能校正后的值计算吸附能,这样计算的实际上是结合自由能。双分子结合为复合物后熵减小,因此结合 ...

请问那该如何计算吸附自由能

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发表于 Post on 2024-1-24 14:26:07 | 只看该作者 Only view this author
RgH 发表于 2024-1-24 14:16
请问那该如何计算吸附自由能

对于你研究的体系,可以把结合自由能叫做吸附自由能。

本版积分规则 Credits rule

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