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[综合交流] 求助基于gaff力场做不同萃取剂比例的环己烷-乙酸乙酯体系模拟,规律和文献相反

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各位老师好,我用gromacs软件(GAFF力场)做了不同萃取剂比例(1,3二甲基咪唑六氟磷酸盐[MMIM][PF6])在环己烷-乙酸乙酯体系的RDF,SDF等动力学模拟,发现萃取剂浓度越高,阴、阳离子与乙酸乙酯的rdf峰值越低,但是阴、阳离子与环己烷的rdf峰值是随浓度增加而增加,sdf也是一样的结果(正常情况下应该是萃取剂的量越多,rdf峰值越高),我查阅大量文献发现其他人的规律与我相反,找了很多原因无果,现在请各位老师帮我看一下是否是力场参数设置错误(力场文件和输入文件在附件中),下图是我做的阳离子分别于与环己烷和乙酸乙酯的RDF结果,请各位老师帮忙看看

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发表于 Post on 2024-1-20 22:53:14 | 只看该作者 Only view this author
看清楚板块再发贴!当前明显是分子模拟的问题,不要发到量子化学版块!这次给你移动了,下次删帖扣分处理

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “gaff力场参数设置” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-22 08:36:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-20 22:53
看清楚板块再发贴!当前明显是分子模拟的问题,不要发到量子化学版块!这次给你移动了,下次删帖扣分处理
...

抱歉老师,下次一定注意,能麻烦您看看这个问题吗

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