计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1596|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] CP2K搜索过渡态时反应物到产物能量没有出现先增后减的趋势

[复制链接 Copy URL]

130

帖子

0

威望

703

eV
积分
833

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位好,我做的是催化反应,我将反应物吸附到催化剂上(图1),根据一些文章猜测的反应机理第一步是脱去酚羟基的氢,于是我在反应物吸附基础上将羟基的O-H键断开并将氢原子靠近催化剂优化得到产物(图二),这一步反应其实就是个氢转移的过程,于是我将反应物、产物作为始末点用CI-NEB搜索过渡态,得到的能量是一个递减的过程(图3),请问这种情况说明了什么?该怎么解决?望懂的老师指点一下,非常感谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125139

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-1-22 03:07:17 | 只看该作者 Only view this author
确保始末两个点优化过了、收敛得足够精确,并且确保CI-NEB里影响能量的设置(CUTOFF、基组等)和优化用的严格一致。倘若一致,始末两个点的能量应当等于优化最后一步的能量。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

130

帖子

0

威望

703

eV
积分
833

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-22 13:00:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-22 03:07
确保始末两个点优化过了、收敛得足够精确,并且确保CI-NEB里影响能量的设置(CUTOFF、基组等)和优化用的严 ...

sob老师,始末点都是优化过的,优化和CI-NEB的参数设定也都是一致的,能量是和优化完能量一样的,不过搜索过渡态还是出现了这样的趋势,所以我很苦恼为什么会这样?

130

帖子

0

威望

703

eV
积分
833

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-22 17:14:57 | 只看该作者 Only view this author
轨迹文件如下,运动轨迹没问题,就是能量趋势不对

ts_traj.xyz

168.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125139

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-1-23 03:32:12 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-1-22 13:00
sob老师,始末点都是优化过的,优化和CI-NEB的参数设定也都是一致的,能量是和优化完能量一样的,不过搜 ...

倘若沿着当前NEB路径能量是单调降低的,那么原理上对起点结构进行优化时会自发优化到终点结构去,也相当于是无势垒过程。这是为什么前面我说要确保几何优化收敛得足够精确
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

130

帖子

0

威望

703

eV
积分
833

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 12:24:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-23 03:32
倘若沿着当前NEB路径能量是单调降低的,那么原理上对起点结构进行优化时会自发优化到终点结构去,也相当 ...

sob老师,像我这个例子中的产物O-H键断裂后O是-1价,H是+1价,这个在产物结构优化时和搜索过渡态时的输入文件中需不需要体现出这两个原子的价态?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125139

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2024-1-25 03:57:20 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2024-1-24 12:24
sob老师,像我这个例子中的产物O-H键断裂后O是-1价,H是+1价,这个在产物结构优化时和搜索过渡态时的输入 ...

不需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 16:53 , Processed in 0.358012 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list