蛋白质配体相互作用能量报错，在索引文件中找不到.mdp文件中引用的Group Protein_UNK

MOI_001

输入命令gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr -maxwarn 2 后，报错如下：

Fatal error:
Group Protein_UNK referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.
通过查找发现有同学在命令后加-n index.ndx能解决问题，于是尝试了一下，后报以下错误：
Error in user input:
Invalid command-line options
  In command-line option -n
    Option specified multiple times

请问这是怎么回事，要怎么解决？

sobereva

提示你不能写两次-n
mdp里牵扯的索引组要么是程序对当前体系默认就有的（如system，蛋白质体系的protein等），而诸如Protein_UNK这种非默认的组必须在索引文件里进行定义