r2SCAN-3c的RIJ加速要额外写加速项的关键词和辅助基团吗？

Oliviaw

我正在尝试高斯和orca联用，想用r2SCAN-3c 方法，同时用RIJ加速
我在orca.sh里面的相关设置是：level="r2SCAN-3c RIJ"，这样写是不是不对？要不要去掉RIJ，会不会自动调用RIJ，我写的关键词是不是错了？要不要加def2/J辅助基团？

我不确定任务失败的原因是不是我设置的加速项的问题，我运行后.err里面显示如下：

[file orca_main/maininp4.cpp, line 11068]:

forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /data/home/grp-chenggj/wangjiaxin/orca_g16_test/mol.engrad
Image              PC                Routine            Line        Source            
extorca            00000000004076FB  Unknown               Unknown  Unknown
extorca            0000000000416EE0  Unknown               Unknown  Unknown
extorca            0000000000404435  Unknown               Unknown  Unknown
extorca            0000000000404262  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B3589208555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
extorca            0000000000404169  Unknown               Unknown  Unknown
mv: cannot stat ‘mol.gbw’: No such file or directory
mv: cannot stat ‘tmp.gbw’: No such file or directory

ionexchangeC

没有RIJ关键词，可以写RI，也可以什么都不写

wzkchem5

不要只看err文件，也看orca的主输出文件，看最后有没有报错信息，由报错信息分析报错原因

sobereva

r2SCAN-3c默认就会用RIJ加速，不用特意写

Oliviaw

ionexchangeC 发表于 2024-1-24 14:08
没有RIJ关键词，可以写RI，也可以什么都不写

我后来没有写加速项，重新装了openmpi 4.1.1，但是跑了半天，但是.out文件都只有73K。
.err文件显示：mca_base_component_repository_open: unable to open mca_btl_openib: libosmcomp.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)

Oliviaw

wzkchem5 发表于 2024-1-24 20:44
不要只看err文件，也看orca的主输出文件，看最后有没有报错信息，由报错信息分析报错原因

我看.out文件跑了半天都只有73k，觉得有问题，就主动终止了。
.out文件显示如下：

Generating mol.inp
Running ORCA...
ORCA running finished!
Extracting data from ORCA outputs via extderi
     6   0   0   F    T  2.27D+00 0.07155572 0.01449686 0.21513510 0.03728469-8099.2093505 ----
Generating mol.inp
Running ORCA...

Oliviaw

sobereva 发表于 2024-1-25 04:42
r2SCAN-3c默认就会用RIJ加速，不用特意写

那要不要加辅助基组呢？

Oliviaw

这是.out文件。
能帮忙看下是哪里出错了吗？

ionexchangeC

orca的路径都写对了吗？检查一下

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-1-25 11:26
那要不要加辅助基组呢？

自动用合适的辅助基组

wzkchem5

Oliviaw 发表于 2024-1-25 04:40
这是.out文件。
能帮忙看下是哪里出错了吗？

我说的是orca的输出，不是orca-高斯联用脚本的输出

Oliviaw

下面是mol.out的结尾，不知道这个是不是orca的输出

WARN  object 0x2e8a380 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.476982] [h025:138619:0]           mpool.c:55   UCX  WARN  object 0x2e8a540 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.476989] [h025:138619:0]           mpool.c:55   UCX  WARN  object 0x2e8a700 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.476996] [h025:138619:0]           mpool.c:55   UCX  WARN  object 0x2e8a8c0 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.477003] [h025:138619:0]           mpool.c:55   UCX  WARN  object 0x2e8ac40 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.477010] [h025:138619:0]           mpool.c:55   UCX  WARN  object 0x2e8ae00 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.477017] [h025:138619:0]           mpool.c:55   UCX  WARN  object 0x2e8afc0 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests


-------------------------------------------------------------------------------
                          DFT DISPERSION CORRECTION                           
                                                                              
                                 DFTD4 V2.5                                    
-------------------------------------------------------------------------------
The R2SCAN3C composite method is recognized
Using three-body term ABC
Active option DFTDOPT                   ...         5   

Starting D4
-------------------------   ----------------
Dispersion correction           -0.261717688
-------------------------   ----------------

------------------   -----------------
gCP correction             0.078058857
------------------   -----------------

-------------------------   --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY     -8099.356652697523
-------------------------   --------------------



           ************************************************************
           *        Program running with 20 parallel MPI-processes    *
           *              working on a common directory               *
           ************************************************************
------------------------------------------------------------------------------
                         ORCA SCF GRADIENT CALCULATION
------------------------------------------------------------------------------

Oliviaw

ionexchangeC 发表于 2024-1-25 12:59
orca的路径都写对了吗？检查一下

orca是可以单独正常运行的，路径没有错

Oliviaw

sobereva 发表于 2024-1-26 03:08
自动用合适的辅助基组

谢谢社长，试过了，但是没有正常结束，而且生成的mol.out， stdout.out很小，不知道哪里出问题了

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-1-26 19:37
谢谢社长，试过了，但是没有正常结束，而且生成的mol.out， stdout.out很小，不知道哪里出问题了

这种描述没有丝毫意义
哪能不看文件内容光说文件大小的，难道得让别人猜文件内容？