求助，蛋白小分子模拟体系报LINCS错误尝试过低温退火还是报错发帖求教。

fengxie

本人做的是蛋白质和小分子模拟，其中有两个配体，一个是我的底物ppt，还有底物是FAD，在模拟的时候，到MD这一步，FAD的一个羟基一直报LINCS错误，
以下是我的npt.mdp文件，因为用的缓慢升温，所以能量最小化之后，直接用了npt，npt进行完，一到md部分，就会报LINCS错误，提示是FAD（gro文件中标记为MOL）的一个羟基错误。然后体系就崩溃了。一开始正常模拟，报错，查论坛用退火还是报错，所以想请教各位前辈，有没有什么合适的解决办法，其他脚本和topol文件都在压缩包里面。

title       = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define      = -DPOSRES  ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 50000      ; 2 * 50000 = 100 ps
dt          = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstxout     = 500       ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout     = 500       ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy   = 500       ; save energies every 1.0 ps
nstlog      = 500       ; update log file every 1.0 ps
energygrps  = protein UNK
; Bond parameters
continuation            = no       ; Restarting after NVT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = h-bonds   ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb        = 1.0       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.0       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = Protein Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.2     0.2           ; time constant, in ps
ref_t       = 318     318           ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl              = berendsen             ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype          = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
tau_p               = 2.0                   ; time constant, in ps
ref_p               = 1.0                   ; reference pressure, in bar
compressibility     = 4.5e-5                ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling    = com
;Simulated annealing
annealing               = single single
annealing-npoints       = 6 6
annealing-time          = 0 20000 40000 60000 80000 100000 0 20000 40000 60000 80000 100000
annealing-temp          = 0 18 118 218 293 318 0 18 118 218 293 318
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp    = 0       ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed    = -1        ; generate a random seed

sobereva

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

tsgyls

最简单的就是把你npt.mdp的设置逐个改成md.mdp里的，看看改动到哪一部分的时候出了问题，再找解决方案

fengxie

sobereva 发表于 2024-1-25 04:52
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

感谢sob老师的回复，已经解决了，把报错的配体拿出来，单独跑了一遍，还是报错，初步判断是配体结构问题。后续重新画了结构单独跑就nvt，npt能继续，但是到md还是报错，后来尝试sob老师在某个帖子下的回答，改了md脚本，1fs，跑100ps先松弛结构，再跑之后就没问题了

fengxie

tsgyls 发表于 2024-1-25 11:42
最简单的就是把你npt.mdp的设置逐个改成md.mdp里的，看看改动到哪一部分的时候出了问题，再找解决方案

感谢大哥回复，已经解决问题了

liu19950830

我看mdp文件有个疑问，模拟的总时长是100ps，设置的annealing-time 的单位不是ps嘛，我看annealing-temp 对应的温度上升的时长超过了模拟的时长。这是不是有问题啊？还是我理解错了