求助分子在溶剂中的BDE计算

scale12567 · 发表于 Post on 2024-1-25 15:07:43

本帖最后由 scale12567 于 2024-1-25 15:13 编辑

各位好，第一次发文若有考虑不周的地方请见谅。

小弟目前是研二，实验室非专门做计算化学的，所以对于计算的方面都是自己看paper学和sob老师的博文学的，若有哪里知识点缺漏，再麻烦提醒下。

以下是我的问题：

目前我让我的A分子浸泡在水溶液中想做BDE计算，建模部分无论是反应物、生成物都使用了杂化模型（隐式溶剂为SMD、显式溶剂为H2O），整个断键反应为： A=B+C，
所以我用ΔE=E(A)-[E(B)+E(C)]来求BDE，但是A、B、C三个分子的大小不一样，所以我加水的数量也不一样(反应物分子尺寸较大所以我周遭设置的水分子较多)，这样我计算单点能量时，是否多余的水的能量一起进去？若是的話该怎么处理？谢谢各位的解答

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-26 02:43:15

若无特殊必要，只用隐式溶剂模型就够了。用杂化溶剂模型还得考虑溶剂层采样问题，又昂贵又不容易考虑周到

scale12567 · 发表于 Post on 2024-1-26 10:59:30

sobereva 发表于 2024-1-26 02:43
若无特殊必要，只用隐式溶剂模型就够了。用杂化溶剂模型还得考虑溶剂层采样问题，又昂贵又不容易考虑周到

这个说明我可以理解，感谢sob老师
但还是想请教一下，之所以使用显式溶剂模型是因为我们想考虑氢键的影响，如果真要做的话，通常会怎么处理采样?谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-27 03:56:45

scale12567 发表于 2024-1-26 10:59
这个说明我可以理解，感谢sob老师
但还是想请教一下，之所以使用显式溶剂模型是因为我们想考虑氢键的影 ...

这得结合具体结构来说才行

scale12567 · 发表于 Post on 2024-1-29 12:13:26

sobereva 发表于 2024-1-27 03:56
这得结合具体结构来说才行

请问是否有例子可以举例让我看看，我刚刚在网上找都找不到单纯因为分子在溶剂中氢键导致键结断键的范例
另外，还想请教如果我认为是分子和水发生反应导致断键的发生，我是否能改成只用隐式溶剂之外，额外"建立一颗水分子"然后去计算整个系统的能量？（即变成A+H2O => B+C）
类似像下图文献（a）那样

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-30 04:03:25

scale12567 发表于 2024-1-29 12:13
请问是否有例子可以举例让我看看，我刚刚在网上找都找不到单纯因为分子在溶剂中氢键导致键结断键的范例
...

水解反应，水本来就是反应物，显然不能用隐式溶剂模型描述所有的水

scale12567 · 发表于 Post on 2024-1-30 10:48:10

sobereva 发表于 2024-1-30 04:03
水解反应，水本来就是反应物，显然不能用隐式溶剂模型描述所有的水

这么说的话水解反应，应该如上图(a)，建构一个水分子实际下去算吗，因为这样水才会作为反应物实际被计算到?谢谢sob老师不厌其烦的解答

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-30 10:50:22

scale12567 发表于 2024-1-30 10:48
这么说的话水解反应，应该如上图(a)，建构一个水分子实际下去算吗，因为这样水才会作为反应物实际被计算 ...

当然是

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