求助，如何验证SMD中拉伸蛋白质配体的解离路径是正确的

Heyjay · 发表于 Post on 2024-1-28 18:43:41

各位老师好，用SMD对配体进行解离时，如何验证拉伸所产生的路径是正确的？（和实验对比验证吗？），看了文献没有找到验证办法。
也希望各位老师能推荐一些好的文献和教程

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-28 18:56:24

如果你想算结合自由能，SMD只是用来产生初始结构的，后面用US来算
而且不同的路径在采样足够之后计算的结合自由能是没啥区别的，毕竟自由能是状态函数
如果你要看的是动力学解离路径，那么你应该做GaMD

Heyjay · 发表于 Post on 2024-1-29 13:43:49

喵星大佬发表于 2024-1-28 18:56
如果你想算结合自由能，SMD只是用来产生初始结构的，后面用US来算
而且不同的路径在采样足够之后计算的结 ...

嗯嗯谢谢老师的回复，我下去再调研一下

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[综合交流] 求助，如何验证SMD中拉伸蛋白质配体的解离路径是正确的