求助醇类物质OPLSAA力场文件或者PDB文件的产生

cmd27 · 发表于 Post on 2024-2-6 16:41:08

老师们好，我已经产生了丙三醇的GAFF力场，但是导师想让我试试别的力场，我看OPLSAA力场例子给的就是醇的，但是他的PDB找不到，OPLSAA力场有乙醇的itp,我想对照一下检查一下对不对，我用这个课题组的网站产生了一个itp，发现原子类型不太对，所以我也不敢用，老师们有什么推荐的方法嘛，或者说我产生一个GROMACS可以识别的PDB 然后用pdb2gmx得到top

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-2-6 17:14:31

https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-6 18:26:47

普通有机分子的OPLS-AA力场的拓扑文件用下文里说的ligpargen产生，对于这么简单的有机体系不会有什么“原子类型不太对”问题
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

也可以直接用现成的拓扑文件库里的，这种常见的分子的拓扑文件里面一般都能直接找到
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

以后发帖绝对不要在未加定义时用什么“这个课题组的网站”这种描述，谁准确知道你说的是哪个课题组哪个网站？认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

cmd27 · 发表于 Post on 2024-2-7 12:00:49

slxc920113 发表于 2024-2-6 17:14
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

感谢您的分享

cmd27 · 发表于 Post on 2024-2-7 12:01:18

sobereva 发表于 2024-2-6 18:26
普通有机分子的OPLS-AA力场的拓扑文件用下文里说的ligpargen产生，对于这么简单的有机体系不会有什么“原子 ...

好的感谢老师您的分享~

Puying · 发表于 Post on 2024-2-9 15:57:41

在Ligpargen网站可以直接使用SMILES字符串，直接生成对应的itp文件和pdb文件。非常方便，除了电荷需要自己计算一下，把自带的替换掉。

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