计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 580|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 关于计算Gd(III)能量不收敛的问题

[复制链接 Copy URL]

68

帖子

0

威望

233

eV
积分
301

Level 3 能力者

各位老师好,我单纯的想要计算水相中的Gd(III)离子的能量为什么总是不收敛,看帖子即使用了 SCF=(novaracc,noincfock) SCF=vshift=500 int=ultrafine关键词也不能收敛,不知道还有什么办法,还是我这个单离子体系或者参数就有问题?输出文件在附件里。

# pbe1pbe/genecp em=gd3bj scrf=(smd,solvent=water)

Gd3+

3 8
Gd                -2.18327545    0.18426337    0.28347653

Gd 0
MWB28
****

Gd 0
MWB28


Gd3 energy.out

31.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

1万

帖子

0

威望

7398

eV
积分
18160

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-2-7 19:44:44 | 只看该作者 Only view this author
必须对金属的第一配位层做显式溶剂化

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
johngu111 + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

68

帖子

0

威望

233

eV
积分
301

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-7 20:02:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-7 19:44
必须对金属的第一配位层做显式溶剂化

谢谢老师,但是为什么大多数元素单离子都能计算收敛,Gd(III)这种不做显式化溶剂不能收敛呢?

1万

帖子

0

威望

7398

eV
积分
18160

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2024-2-7 21:01:31 | 只看该作者 Only view this author
johngu111 发表于 2024-2-7 13:02
谢谢老师,但是为什么大多数元素单离子都能计算收敛,Gd(III)这种不做显式化溶剂不能收敛呢?

但凡是溶剂和离子有强烈相互作用(例如配位或很强的氢键)的情形,如果不加显式溶剂化,即使收敛了结果也不能用,因为隐式溶剂模型不能正确描述和溶质作用很强的溶剂。既然不能正确描述,那么轨道能级什么的很可能完全是乱套的,电子不知道该填到什么轨道上去,所以不收敛。
至于其他离子为什么能收敛,可能是因为其他离子不加显式溶剂时,轨道能级顺序碰巧没有很大的变动,因此收敛没有变得特别困难。但是正如我所说,此时即使收敛了,结果也不能用。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
johngu111 + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-2-8 05:53:49 | 只看该作者 Only view this author
d、f族金属离子与溶剂的配位作用显然是靠隐式溶剂模型描述不了的,完全没法用。而即便是碱、碱土金属离子,虽然和溶剂分子不是配位作用,但由于其电荷密度很大,隐式溶剂模型计算溶解自由能的误差一般也会很大(除非对于能量问题的计算,物质间的这种误差能够充分抵消才能用),下文也提了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

68

帖子

0

威望

233

eV
积分
301

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-8 11:37:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-8 05:53
d、f族金属离子与溶剂的配位作用显然是靠隐式溶剂模型描述不了的,完全没法用。而即便是碱、碱土金属离子, ...

谢谢sob老师,我还想问一下。如果我想比较水溶液中不同金属离子与某个阴离子间的结合强度,计算思路如下:1.优化结构并计算金属离子(显式水)的单点能,计为E(M(H2O)n);2.计算阴离子的单点能计为E(A);3.优化结构并计算水分子的单点能E(H2O);4.优化结构并计算金属离子-阴离子复合物的单点能,计为E(M(H2O)n-1A);5.用Shermo进行自由能矫正,并计算结合自由能=E(M(H2O)n-1A)+E(H2O)-E(M(H2O)n)-E(A)。比较不同金属间的与阴离子的结合自由能、平衡常数等,请问老师这个思路合不合理?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2024-2-9 06:46:59 | 只看该作者 Only view this author
johngu111 发表于 2024-2-8 11:37
谢谢sob老师,我还想问一下。如果我想比较水溶液中不同金属离子与某个阴离子间的结合强度,计算思路如下 ...

不太讲究的话可以

最严格的做法是,先以尽可能好的方式计算气相下结合自由能,然后对每个物质都用尽可能理想的方法(有的可以查实验数据)得到溶解自由能,将溶解自由能求差加到气相结合自由能上作为溶剂效应的校正。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
johngu111 + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

68

帖子

0

威望

233

eV
积分
301

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-9 12:54:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-9 06:46
不太讲究的话可以

最严格的做法是,先以尽可能好的方式计算气相下结合自由能,然后对每个物质都用尽可 ...

感谢sob老师大过年的还给我们及时答疑,新年快乐,希望论坛越办越好

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 13:35 , Processed in 0.168832 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list