gromacs生成tpr文件时出现Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0)报错怎么解决

baixiaoxuan · 发表于 Post on 2024-2-12 17:05:27

做em模拟生成tpr文件时，出现了如下报错：
ERROR 1 [file spc.itp, line 18]:
  Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0).
  This probably means that you have inserted topology section "bonds"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "bonds" section to the right molecule.
请问如何解决？

nons.itp文件过大无法上传，附上此文件部分内容截图

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-12 17:39:36

压缩减小体积不就能上传了
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

sobtop根本不直接支持OPLS-AA原子类型，不要混用，http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2里面对力场都写明了。要模拟水，include amber力场目录下的水模型的itp文件

baixiaoxuan · 发表于 Post on 2024-2-12 18:18:27

sobereva 发表于 2024-2-12 17:39
压缩减小体积不就能上传了
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bb ...

已解决，谢谢老师

dxf · 发表于 Post on 2024-6-25 04:03:41

baixiaoxuan 发表于 2024-2-12 18:18
已解决，谢谢老师

请问你是怎么解决这个问题的呀

baixiaoxuan · 发表于 Post on 2025-7-9 16:47:24

dxf 发表于 2024-6-25 04:03
请问你是怎么解决这个问题的呀

换了amber力场的水模型

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[GROMACS] gromacs生成tpr文件时出现Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0)报错怎么解决

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