gromacs模拟过程中分子结构发生了变化的问题

tym1999 · 发表于 Post on 2024-2-17 21:30:16

本帖最后由 tym1999 于 2024-2-17 21:30 编辑

采用gromacs模拟一种染料分子DB56，采用packmol建立的初始mix.gro文件里的DB56分子如图1所示，通过模拟后DB56分子的结构如图2所示，图中标红部分分子结构发生了变化，同时采用gaussian使用b3lyp-D3(BJ)/6-311G(d,p)对DB56分子进行了结构优化，优化后的结构与图1相同（itp,mdp,log,gro文件如下），所以想问问
1.这种结构的变化对后续模拟从水溶液中萃取DB56分子有影响吗？
2.如果有影响，怎么能够使得模拟过程中DB56分子结构不发生变化呢？

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-2-17 22:08:53

这种结构变化是动态变化的吗？我个人认为这种细微的结构变化对后续模拟结果影响不大。
个人见解。

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-17 22:50:44

图2是这个分子的能量最低结构，因为此时有分子内氢键。图1是亚稳结构
实际动力学模拟过程中这两种构象都会出现，各有一定比率，可以对轨迹做统计，当然图2的概率高得多，根据Boltzmann分布可知。参考下文
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

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