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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 求助进行IRC时只向反应物方向走一个点
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[新手求助] 求助进行IRC时只向反应物方向走一个点

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起个名字特难丶

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发表于 Post on 2024-2-20 19:19:49 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 起个名字特难丶 于 2024-2-21 12:28 编辑

第1个点：

第40个点：

第68个点：

这是IRC图像

过渡态寻找关键词：# opt=(calcfc,ts,noeigen,tight) freq 6-31+g(d,p) m062x int=ultrafine
IRC的关键词：# IRC=(calcfc,maxpoints=200,recalc=3) 6-31+g(d,p) int=ultrafine m062x
向产物方向走了67个点，但是向反应物方向只走了1个点，一共有69个点，程序正常结束，打开文件没有报错
我又尝试增大步长，设置stepsize=20，跑完后程序报错
求助各位老师如何解决，谢谢


报错提示：
Cartesian Forces:  Max     0.001847950 RMS     0.000502314
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Error in corrector energy =          -0.0000918660
Magnitude of corrector gradient =     0.0017085468
Magnitude of analytic gradient =      0.0055025758
Magnitude of difference =             0.0052387229
Angle between gradients (degrees)=   72.1830
Pt 26 Step number  20 out of a maximum of  20
Modified Bulirsch-Stoer Extrapolation Cycles:
    EPS =    0.000010000000000
      PEZero:  N= 2 I= 1 D=  2.41D-03 Err=  6.09D-02
      PEZero:  N= 3 I= 2 D=  2.41D-03 Err=  1.07D-01
      PEZero:  N= 3 I= 1 D=  4.81D-03 Err=  9.93D-02
      PEZero:  N= 4 I= 3 D=  1.20D-03 Err=  1.06D-01
      PEZero:  N= 4 I= 2 D=  3.61D-03 Err=  3.46D-02
      PEZero:  N= 4 I= 1 D=  6.02D-03 Err=  2.00D-02
      PEZero:  N= 5 I= 4 D=  1.20D-03 Err=  6.01D-05
      PEZero:  N= 5 I= 3 D=  2.41D-03 Err=  1.06D-01
      PEZero:  N= 6 I= 5 D=  6.02D-04 Err=  4.50D-05
      PEZero:  N= 6 I= 4 D=  1.81D-03 Err=  1.49D-07
      PEZero:  N= 6 I= 3 D=  3.01D-03 Err=  2.08D-02
Maximum DWI energy   std dev =  0.000038723 at pt    -1
Maximum DWI gradient std dev =  1.197914597 at pt   135
CORRECTOR INTEGRATION CONVERGENCE:
   Recorrection delta-x convergence threshold:    0.010000
   Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/software/g16/l123.exe at Tue Feb 20 04:38:44 2024.
Job cpu time:       8 days  0 hours 52 minutes 10.4 seconds.
Elapsed time:       0 days  3 hours  1 minutes 36.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    644 Int=      0 D2E=      0 Chk=     41 Scr=      1
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 00001492b678d3db
   rdx 000000000000000f, rsp 00007ffddcfa45e8, rbp 00007ffddcfa4b60
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000016d77a, r8  00001479b673d000
   r9  00007ffddcfa3d00, r10 0000000000401919, r11 0000000000000206
   r12 00007ffddcfa4ba8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
   r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x1492b6a9f420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x1492b678d3db]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x420b80]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x436681]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x4502e1]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x446d99]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x41ad90]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x40dc3b]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x406402]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x403a40]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x40397d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x1492b676e083]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x4038a9]
Aborted (core dumped)


一共向反应物方向走了26个点

202402211228446376..png (119.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202402211228446376..png
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sobereva

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发表于 Post on 2024-2-21 02:11:35 | 只看该作者 Only view this author
“跑完后程序报错” 说报错提示啊
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”：1号：18616395，2号：466017436，3号：764390338，搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加，合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大的量子化学波函数分析程序）
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-21 12:27:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-21 02:11
“跑完后程序报错” 说报错提示啊

Cartesian Forces:  Max     0.001847950 RMS     0.000502314
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Error in corrector energy =          -0.0000918660
Magnitude of corrector gradient =     0.0017085468
Magnitude of analytic gradient =      0.0055025758
Magnitude of difference =             0.0052387229
Angle between gradients (degrees)=   72.1830
Pt 26 Step number  20 out of a maximum of  20
Modified Bulirsch-Stoer Extrapolation Cycles:
    EPS =    0.000010000000000
      PEZero:  N= 2 I= 1 D=  2.41D-03 Err=  6.09D-02
      PEZero:  N= 3 I= 2 D=  2.41D-03 Err=  1.07D-01
      PEZero:  N= 3 I= 1 D=  4.81D-03 Err=  9.93D-02
      PEZero:  N= 4 I= 3 D=  1.20D-03 Err=  1.06D-01
      PEZero:  N= 4 I= 2 D=  3.61D-03 Err=  3.46D-02
      PEZero:  N= 4 I= 1 D=  6.02D-03 Err=  2.00D-02
      PEZero:  N= 5 I= 4 D=  1.20D-03 Err=  6.01D-05
      PEZero:  N= 5 I= 3 D=  2.41D-03 Err=  1.06D-01
      PEZero:  N= 6 I= 5 D=  6.02D-04 Err=  4.50D-05
      PEZero:  N= 6 I= 4 D=  1.81D-03 Err=  1.49D-07
      PEZero:  N= 6 I= 3 D=  3.01D-03 Err=  2.08D-02
Maximum DWI energy   std dev =  0.000038723 at pt    -1
Maximum DWI gradient std dev =  1.197914597 at pt   135
CORRECTOR INTEGRATION CONVERGENCE:
   Recorrection delta-x convergence threshold:    0.010000
   Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/software/g16/l123.exe at Tue Feb 20 04:38:44 2024.
Job cpu time:       8 days  0 hours 52 minutes 10.4 seconds.
Elapsed time:       0 days  3 hours  1 minutes 36.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    644 Int=      0 D2E=      0 Chk=     41 Scr=      1
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 00001492b678d3db
   rdx 000000000000000f, rsp 00007ffddcfa45e8, rbp 00007ffddcfa4b60
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000016d77a, r8  00001479b673d000
   r9  00007ffddcfa3d00, r10 0000000000401919, r11 0000000000000206
   r12 00007ffddcfa4ba8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
   r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x1492b6a9f420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x1492b678d3db]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x420b80]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x436681]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x4502e1]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x446d99]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x41ad90]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x40dc3b]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x406402]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x403a40]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe() [0x40397d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x1492b676e083]
  /home/gaussian/software/g16/l123.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x4038a9]
Aborted (core dumped)

老师您好，这是最后几行的文本
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发表于 Post on 2024-2-21 15:07:04 | 只看该作者 Only view this author
起个名字特难丶 发表于 2024-2-21 12:27
Cartesian Forces:  Max     0.001847950 RMS     0.000502314
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-I ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）
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wjc404

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发表于 Post on 2024-2-21 15:55:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wjc404 于 2024-2-21 15:59 编辑

如果在增加stepsize之前发现“向反应物只走一步就停止”的原因是“程序认为梯度过低则停止往前走”，则不一定要增加stepsize，还可以在输入文件中写上iop(1/108=-1)。

说点题外的（如果你不想重新优化过渡态就不用调整了）。如果体系不带负电，不需要用弥散函数。泛函用b3lyp-d3(bj)比m062x便宜。以及过渡态需要看一下波函数稳定性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-22 09:32:35 | 只看该作者 Only view this author
wjc404 发表于 2024-2-21 15:55
如果在增加stepsize之前发现“向反应物只走一步就停止”的原因是“程序认为梯度过低则停止往前走”，则不一 ...

谢谢老师，学到新的知识了
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