求助：模拟聚合物很多链跑出盒子整体显得结果并不理想的问题；退火温度生不上去问题

MGRACE · 发表于 Post on 2024-2-25 19:37:21

本帖最后由 MGRACE 于 2024-2-25 19:45 编辑

目前在模拟一种接枝两性离子聚合物，能量最小化后半各项异性退火模拟后进行密度，回转半径等指标判断达到了平衡。但还是存在部分真空区域，而且很多聚合物链条跑出盒子，跟看过的文献相比感觉很不理想。希望各位老师指导下怎么解决。还有一个问题就是之前尝试升温到1000k消除真空区为什么模拟时从起始300k只能升温到600k左右就崩溃了

zwnpt.mdp (2.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

polyzw.top (366 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

gro文件太大所以只能截图

polyzw.itp (183.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-2-25 22:26:39

聚合物那么长，跨盒子不是很正常吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-2-26 07:43:36

那不是真空区，是周期性边界条件下另一侧盒子外的部分。温度过高模拟崩溃正常

MGRACE · 发表于 Post on 2024-2-26 10:43:08

slxc920113 发表于 2024-2-25 22:26
聚合物那么长，跨盒子不是很正常吗？

但是我看的很多聚合物模拟的链比我这个长的多，虽然也有跨盒子的部分但没我这个夸张（比如从文献里面截取的第三张图），我的很多链都竖起来跨过盒子所以感觉很不理想。

MGRACE · 发表于 Post on 2024-2-26 10:55:04

Seyilaxa 发表于 2024-2-26 07:43
那不是真空区，是周期性边界条件下另一侧盒子外的部分。温度过高模拟崩溃正常

温度过高崩溃有什么好的解决办法么？想模仿一些文献里升温后降温的方法看看结果会不会好一些，尝试论坛里一些解决崩溃的方法后还是崩溃

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-2-27 20:00:43

MGRACE 发表于 2024-2-26 10:55
温度过高崩溃有什么好的解决办法么？想模仿一些文献里升温后降温的方法看看结果会不会好一些，尝试论坛里 ...

没有必要不需要高温后降温，从你模拟结果来看显示完整分子和让分子都在盒子里不可兼得

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：模拟聚合物很多链跑出盒子整体显得结果并不理想的问题；退火温度生不上去问题

浏览过的版块