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[GROMACS] OPLS力场的成键参数如何确定?

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各位老师好,我想问下关于OPLS力场中成键参数是采用哪一个呀?是根据[atomtypes]中的bond_type映射到ffbonded.itp中进行指认吗?还是直接根据分子itp文件中的[bonds]、[angles]、[dihedrals]等直接确定呢?

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喵星人

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发表于 Post on 2024-2-26 12:31:49 | 只看该作者 Only view this author
如果分子itp里直接写明了参数,优先用分子itp里的,没有的话去ffbonded.itp里找对应的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-26 15:25:41 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-2-26 12:31
如果分子itp里直接写明了参数,优先用分子itp里的,没有的话去ffbonded.itp里找对应的

明白了,谢谢!

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发表于 Post on 2024-2-27 04:00:08 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt。无论什么力场都是这个逻辑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-27 17:36:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-27 04:00
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt。无 ...

这下彻底明白了,谢谢老师

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