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[GROMACS] 计算径向分布函数的问题

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本帖最后由 wanzongliang 于 2024-2-28 10:32 编辑

我用gromacs模拟一个大分子的带电基团和周围水的径向分布函数,但模拟的结果有些奇怪
使用的是oplsaa全原子力场,各进行了三百纳秒的NVT和NPT平衡,计算了如图所示的带电基团的CH3中的H和水中O的径向分布函数,所得的结果均如图片所示
请问各位老师遇到过这种问题吗(附上我的力场文件

202402280908337487..jpg (195.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202402280908337487..jpg

5b79c05c54c86bebcce42772af1ff02.png (13.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

5b79c05c54c86bebcce42772af1ff02.png

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发表于 Post on 2024-2-29 00:19:42 | 只看该作者 Only view this author
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-29 09:15:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-29 00:19
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620(http:// ...

抱歉老师,我找到了是我设置的问题,感觉那个径向分布函数不像正常径向分布函数的样子所以来问一下

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