关于pdb 中，同一氨基酸位置，多个可能，只保留其中一个的解决方法

meatball1982

关于pdb 中，同一氨基酸位置，多个可能，只保留其中一个的解决方法。

大家好。
      我有很多个pdb,其中一个，比如是1a5z.pdb
      其中的209号氨基酸有四种可选，210号氨基酸有2种可选。我希望得到的pdb,每个氨基酸位置只有一种，比如我只保留A。
      我现在的思路，是通过awk判断第27个字符是空，或A,则保留，else，删除。因为pdb有些多，所以实现起来有点慢。

      我的问题是，有没有更加简单的方式，最好是脚本实现。
      谢谢大家。

abcdefu

你好，请问你怎么解决该问题的？

student0618

自动化的话用例如 AmberTools 的pdb4amber自动选，用可视化软件如PyMOL也有相关指令。

详情参考相关程序的手册。

Huschein

pdb4amber pdb2gmx pdbfixer