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[GROMACS] 求助gromacs模拟纤维素化学键断裂

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各位老师,我做的是纤维素模拟,纤维素pdb是cellulose builder生成的,top是charmm-gui生成的(charmm力场,参考文献种的力场类型)。跑完md会有明显的化学键断裂问题,如图所示。我检查了力场itp的【bondtype】应该是是没缺少成键描述的。这种情况哪里还可能出问题呢。(附md.mdp、forcefield.itp、纤维素.itp)

202403012137156028..png (30.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202403012137156028..png

forcefield.itp

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md_r1.5_taup2.0.mdp

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CARA.itp

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发表于 Post on 2024-3-2 06:48:07 | 只看该作者 Only view this author
观看轨迹、显示出盒子,弄清楚是pbc导致的显示问题还是确实断了。如果是后者,弄清楚断键对应的原子序号,检查[bonds]里相应项是否有缺失
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-2 16:00:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-2 06:48
观看轨迹、显示出盒子,弄清楚是pbc导致的显示问题还是确实断了。如果是后者,弄清楚断键对应的原子序号, ...

老师,这个应该就是断了。.itp里面的bonds项我也看过 了,应该是没有缺失。这种问题没有其他的可能性了嘛

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发表于 Post on 2024-3-2 23:09:49 | 只看该作者 Only view this author
ydq 发表于 2024-3-2 16:00
老师,这个应该就是断了。.itp里面的bonds项我也看过 了,应该是没有缺失。这种问题没有其他的可能性了嘛

检查力常数大小
如果都正常,不可能有这种现象
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-3 15:04:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-2 23:09
检查力常数大小
如果都正常,不可能有这种现象

好的老师!!!我再仔细检查检查。多谢指点!!!

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