求助用packmol构建气液两相体系相关问题

liululu

老师们，我想请教一下关于gromacs以及packmol的相关问题，希望可以获得各位老师的解答。
在用packmol构建好液相(由不同分子构成)后，因要保证液相密度选择nvt系综，进行了分子动力学模拟计算了液相粘度。
在考察通入气体后液相粘度变化，拟构建气液两相，液相选择完成动力学模拟后的结构，用editconf将计算结果的gro文件转换成了pdb文件，液相示意图是第一张(有的分子或原子在盒子外面)，number为1，液相的尺寸以及位置限定本来想采用初始构建液相时的”inside cube 0. 0. 0. 30.”,但是会提示错误❌，在改成”inside box -10. -10. -10. 30. 30. 30.”后显示构建成功；气相是想用”inside box 0. 0. 30. 30. 30. 90.”，有一个气液界面(后续想考察界面性质)是第二张图。
①用液相完成分子动力学模拟后的结构，用作构建气液两相界面体系中的液相是否是可行的以及操作过程是否正确，考察此时气体对液相粘度的变化是有意义的吗(若没有意义，需要怎样操作)？
②采用NVT系综后，盒子的体积是不变的，是不是代表尺寸就是不变的；在采用动力学模拟后的液相结构时，会有些分子的某部分在盒子外面，而且用之前构建液相初始模型时的”inside cube 0. 0. 0. 30.”会不成功。因为是想在这个基础上构建气液两相的界面体系，目前用上述修改后的液相位置和气相设置所构建出来的盒子如图中显示，会有很多额外的空间，如何能够实现预设的盒子？
③研究气液两相界面体系，是直接用packmol将气相和液相相应的分子添加进盒子中吗？还是在采用nvt系综动力学模拟后的液相基础上添加气相(想考察加入气体后液相粘度变化)？
④如何用packmol气液两相界面体系中气相上方添加真空层？

sobereva

editconf把盒子扩出一块，用gmx insert-molecules往真空区填充气体分子就完了
不用控压显然盒子尺寸不会变

liululu

sobereva 发表于 2024-3-2 06:46
editconf把盒子扩出一块，用gmx insert-molecules往真空区填充气体分子就完了
不用控压显然盒子尺寸不会变 ...

谢谢老师的解答。