粗粒化模拟后的蛋白转全原子后二级结构发生了较大变化

gromacs初学者 · 发表于 Post on 2024-3-4 00:08:33

sob老师，我是用的charmm-gui映射回的全原子，用pymol对比了下前后蛋白二级结构α螺旋较多变成了无规则卷曲，这是什么原因呢，请问我该怎么解决呢？

CruiseBend · 发表于 Post on 2024-3-4 15:24:09

加elastic network了嘛？martini下的elastic network 会限制二级结构

gromacs初学者 · 发表于 Post on 2024-3-4 17:28:43

CruiseBend 发表于 2024-3-4 15:24
加elastic network了嘛？martini下的elastic network 会限制二级结构

你好，我没有采用ENM，不知道什么原因影响了

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[GROMACS] 粗粒化模拟后的蛋白转全原子后二级结构发生了较大变化