如何分析氢键、卤键、疏水作用、π‒π 相互作用等在模拟过程中的变化情况

Nelson_Foo · 发表于 Post on 2024-3-6 10:19:01

见到使用薛定谔的Simulation Interactions Diagram 模块对动力学模拟轨迹进行分析，想知道gromacs如何做这样的分析图，大概就是分析模拟轨迹中可能出现的各种作用力，以及占有率（占有率是指该相互作用在所分析的时长内存在的概率，占有率越大，表明该相互作用越稳定）或者对能量的贡献程度（图片发不出来）

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-6 14:55:12

仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

Nelson_Foo · 发表于 Post on 2024-3-6 16:17:52

老师您好，我附上图片，我大概需要的就是展示出小分子的与氨基酸参与的各种作用以及占有率

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