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[GROMACS] 如何构建包含227个重复单元的聚合物、蛋白质和小分子体系?

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gromacs小白,现在已有通过mcpb.py工具得到的蛋白质与小分子的溶剂化后的体系和通过sobtop生成的聚合物的top文件和itp文件,如果将一个聚合度为227的聚合物(文件限制无法上传)填充到这个体系中从而进行模拟呢?

202403061631598029..png (857.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

蛋白质与小分子体系

蛋白质与小分子体系

peg.gro

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聚合物坐标文件

peg.top

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聚合物拓扑文件

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发表于 Post on 2024-3-7 04:13:28 | 只看该作者 Only view this author
真空下模拟聚合物,等蜷缩起来后,再把聚合物插入当前盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-7 11:37:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-7 04:13
真空下模拟聚合物,等蜷缩起来后,再把聚合物插入当前盒子

谢谢老师!!!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-10 08:30:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-7 04:13
真空下模拟聚合物,等蜷缩起来后,再把聚合物插入当前盒子

打扰老师了,请问真空下模拟聚合物一般模拟多长时间比较合适呢?100ns吗?

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发表于 Post on 2024-3-10 08:33:51 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-3-10 08:30
打扰老师了,请问真空下模拟聚合物一般模拟多长时间比较合适呢?100ns吗?

看具体目的
如果是蜷缩起来就够了,用不着100ns。一直跑着,不断看轨迹,看什么时候蜷缩程度够了就停了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-10 08:45:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-10 08:33
看具体目的
如果是蜷缩起来就够了,用不着100ns。一直跑着,不断看轨迹,看什么时候蜷缩程度够了就停了

好的,谢谢老师

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